结论：无证房产占有人起诉确认征收部门与其他无证第三人签订的征收协议无效，法院的判决结果取决于多种因素，包括房产的实际权属、占有人与第三人的法律关系、征收协议的合法性等。以下是对此问题的详细分析：
一、房产实际权属是关键
若房产实际属于占有人：
- 如果无证房产实际上属于占有人所有，而征收部门却与无证第三人签订了征收协议，这可能构成对占有人财产权的侵犯。
- 在此情况下，占有人有权起诉要求确认该征收协议无效，并可能要求征收部门承担相应的法律责任。
- 法院在审理时，会重点审查房产的实际权属情况，包括但不限于购房合同、付款凭证、居住使用情况等证据。
若房产实际属于第三人：
- 如果无证房产实际上属于第三人所有，而占有人只是非法占有或使用该房产，那么占有人无权起诉要求确认征收协议无效。
- 在此情况下，征收部门与第三人签订的征收协议，如果符合相关法律法规的规定，应被视为有效。
二、占有人与第三人的法律关系
若占有人与第三人存在纠纷：
- 如果占有人与第三人之间存在关于房产权属的纠纷，如继承纠纷、共有纠纷等，那么这可能会影响到征收协议的效力。
- 在此情况下，法院可能会建议双方先解决权属纠纷，再确定征收协议的效力。
若占有人与第三人无纠纷：
- 如果占有人与第三人之间不存在关于房产权属的纠纷，且房产实际属于第三人所有，那么占有人无权干涉征收部门与第三人签订的征收协议。
三、征收协议的合法性
若征收协议合法：
- 如果征收部门与第三人签订的征收协议符合相关法律法规的规定，如经过了合法的审批程序、补偿标准合理等，那么该协议应被视为有效。
- 在此情况下，占有人起诉要求确认协议无效，法院一般不会支持。
若征收协议违法：
- 如果征收部门与第三人签订的征收协议存在违法情形，如未经合法审批、补偿标准过低等，那么该协议可能被视为无效。
- 在此情况下，占有人起诉要求确认协议无效，法院可能会根据具体情况进行判决。
四、法律建议
- 对于占有人：如果认为自己的财产权受到侵犯，应及时收集相关证据，如购房合同、付款凭证、居住使用情况等，并咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律途径。
- 对于征收部门：在签订征收协议前，应严格审查房产的权属情况，确保与合法的产权人签订协议，避免引发不必要的法律纠纷。
- 对于第三人：如果认为自己的房产权受到侵犯或征收协议存在违法情形，也应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。
总结来说，无证房产占有人起诉确认征收部门与其他无证第三人签订的征收协议无效，法院的判决结果取决于房产的实际权属、占有人与第三人的法律关系以及征收协议的合法性等多种因素。因此，在处理此类纠纷时，建议各方当事人及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。