针对您提出的“办理不下施工许可证已经完工的工程如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、法律后果与责任认定

首先，需要明确的是，未取得施工许可证擅自施工是违反《建筑工程施工许可管理办法》的行为，将面临一系列法律后果和责任认定：

1. 行政责任：主管部门有权责令停止施工、限期改正，并处以工程合同价款1%-2%的罚款。若工程已竣工且无法采取改正措施（如拆除），则可能面临更严厉的行政处罚。

2. 民事责任：

   • 合同效力争议：未取得施工许可证的建设工程施工合同可能被认定为无效。但若工程竣工验收合格，承包人仍可主张工程款。
   • 质量纠纷风险：因无证施工导致工程质量问题的，建设单位和施工单位需承担连带责任。

3. 刑事责任：在极端情况下，如造成重大安全事故或存在严重违法违规行为，相关责任人可能被追究刑事责任。

二、补救措施与建议

针对已竣工但无施工许可证的工程，以下是一些补救措施和建议：

1. 补办手续（尽管可能性较低）：

   • 若项目符合规划、用地等条件，可尝试向主管部门申请补办施工许可证。但需满足工程已通过竣工验收、未违反强制性标准、无重大安全隐患等条件。实践中补办难度较大，需提前评估可行性。

2. 整改与验收：

   • 质量与安全检测：委托专业机构对工程进行全面检测，确保符合国家标准。
   • 完善资料：补充施工图纸、材料合格证、隐蔽工程记录等文件，以证明工程的合规性和安全性。
   • 协调验收：联合设计、监理等单位出具合格证明，争取通过合法验收程序。

3. 与主管部门沟通协商：

   • 说明历史原因（如政策变动、紧急抢险工程等），争取从轻处理。
   • 在行政处罚阶段，主动配合调查并缴纳罚款，以避免后续诉讼风险。

4. 法律救济途径：

   • 若对处罚决定不服，可在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 若合同被认定无效但工程合格，可通过司法途径主张工程款。

三、实际操作中的注意事项

1. 证据保留：务必保存施工日志、付款凭证、验收报告等材料，以备维权使用。

2. 合规经营：未来项目务必严格履行报建手续，避免因小失大。

3. 专业咨询：鉴于此类问题的复杂性，建议聘请律师或建筑法专家制定针对性方案，以确保您的权益得到最大程度的保障。

四、案例参考

• 案例1：某企业未办理施工许可证擅自建设厂房，竣工后被处以工程总价1.5%的罚款，但因工程合格未被要求拆除。
• 案例2：某住宅楼无证施工后发生墙体裂缝，开发商和施工单位共同承担赔偿责任，并被吊销资质证书。

综上所述，对于已竣工但无施工许可证的工程，建设单位和施工单位需共同面对并积极解决这一问题。通过补办手续、整改与验收、与主管部门沟通协商以及寻求法律救济途径等方式，确保项目的合规性和后续使用的顺利进行。同时，务必加强合规经营意识，避免类似问题再次发生。