针对您提出的“工程完工但是不补办开工许可证怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、一般情况下的处理原则

在大多数情况下，工程完工后是不能补办施工许可证的。这是因为施工许可证是工程合法开工建设的前置条件，根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，它应在开工前按规定申请并获得批准。若未取得施工许可证擅自施工，这属于违法建设行为，可能会面临一系列严重的后果，包括但不限于罚款、工程合法性受质疑以及使用受限等。

二、违规后果的深入分析

1. 破坏建筑市场秩序：未取得施工许可证擅自施工，会破坏建筑市场的正常秩序，影响公平竞争。
2. 工程质量与安全隐患：缺乏有效监管可能导致工程质量不达标，施工安全存在隐患，对公众生命财产安全构成威胁。
3. 法律责任与处罚：施工单位可能因此面临罚款、停工整顿等处罚，甚至可能影响企业的信誉和未来发展。

三、特殊情况下的补办可能性

尽管一般情况下工程完工后不能补办施工许可证，但在某些特殊情况下，如历史遗留问题或遭遇不可抗力等，可能存在补办的可能性。

1. 历史遗留问题：对于因政策、管理等原因导致的未及时办理施工许可证的工程，政府部门可能会根据实际情况制定特殊处理政策。建设单位需提供详细工程建设资料，说明未办理原因，并接受相关部门调查和审核。
2. 不可抗力或特殊事由：如工程在建设过程中遭遇自然灾害、战争等不可抗力事件，或因政府行为导致工程暂停、变更等特殊事由，影响了施工许可证的办理。在这种情况下，若工程完工后仍有合理补办需求，并能提供充分证明材料和经过相关部门认定，那么有可能允许补办。

四、建议与措施

1. 严格遵守法律法规：在工程建设过程中，务必严格遵守相关法律法规，确保在开工前办理好施工许可证等必要手续。
2. 咨询专业意见：如遇特殊情况需补办施工许可证，建议咨询当地建设行政主管部门或相关法律专家，了解具体的流程和要求。
3. 积极配合调查与审核：若符合补办条件，建设单位应积极配合相关部门的调查和审核工作，提供真实、完整的工程建设资料。

综上所述，工程完工后一般不能补办施工许可证，但在特殊情况下可能存在补办的可能性。为了确保工程的合法性和合规性，建议您在工程建设过程中严格遵守相关法律法规，并在遇到问题时及时咨询专业意见。