重大行政决策违法行为的调查，一般由决策机关或者其指定的部门负责。以下是对这一问题的详细分析：
一、调查主体的一般规定
在行政决策过程中，如果决策存在违法行为，通常需要由相应的机关或部门进行调查。根据相关法律法规和行政实践，决策机关（即作出重大行政决策的机关）通常是负责调查的主体。这是因为决策机关对决策过程和内容有最直接的了解，能够更有效地查明事实真相。
二、调查主体的特殊情况
指定调查：在某些情况下，决策机关可能会指定其下属部门或外部机构进行调查。这种指定通常基于专业性、独立性或效率等方面的考虑。例如，如果决策涉及复杂的法律问题，决策机关可能会指定法制部门或法律顾问进行调查；如果决策涉及多个部门或领域，决策机关可能会指定一个跨部门的调查小组进行调查。
上级机关调查：在特定情况下，上级行政机关也可能对下级机关的重大行政决策违法行为进行调查。这通常发生在上级机关认为下级机关的决策存在严重问题，或者下级机关的调查结果存在疑问时。上级机关的调查具有更高的权威性和独立性，能够更有效地查明事实真相并作出公正的处理。
三、调查程序与要求
无论调查主体是决策机关还是其指定的部门，都需要遵循一定的调查程序和要求。这包括：
依法调查：调查必须依据相关法律法规进行，确保调查的合法性和有效性。
公正客观：调查应当公正客观，不受任何外部因素的干扰和影响。调查人员应当保持中立态度，对事实进行客观分析和判断。
全面深入：调查应当全面深入，对决策过程、内容、影响等方面进行全面了解和评估。调查人员应当收集充分的证据材料，确保调查结果的准确性和可靠性。
及时报告：调查结束后，调查主体应当及时向上级机关或相关部门报告调查结果。报告内容应当包括调查过程、事实真相、处理建议等方面。
四、法律后果与责任追究
如果调查发现重大行政决策存在违法行为，决策机关或相关责任人员可能需要承担相应的法律后果和责任。这包括行政责任、民事责任甚至刑事责任等。具体责任形式和程度将根据违法行为的性质、情节和后果等因素进行综合判断。
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