关于酒店使用员工身份证进行备案的问题，这通常是不合法且存在较大风险的。以下是我为您详细分析的原因和依据：

首先，从法律法规的角度来看，《旅馆业治安管理办法》明确规定了旅馆接待旅客住宿必须登记，并应当查验旅客的身份证件，按规定的项目如实登记。这一规定强调了旅馆对旅客身份信息的查验和登记义务，但并未提及可以使用员工身份证进行备案。此外，《中华人民共和国居民身份证法》也明确规定，冒用他人居民身份证或使用伪造、变造的居民身份证属违法行为，将受到相应的法律处罚。

其次，从实际操作和风险管理的角度来看，酒店使用员工身份证进行备案存在诸多隐患。一方面，这可能导致旅客信息的不准确和不完整，给酒店的管理和安全带来潜在风险。另一方面，如果酒店员工身份证被不法分子利用，进行违法犯罪活动，酒店和员工都可能面临法律责任。

再者，从旅客权益保护的角度来看，旅客有权要求酒店对其身份信息进行准确、完整的登记，并保护其隐私不受侵犯。酒店使用员工身份证进行备案，无疑是对旅客权益的一种侵害。

综上所述，酒店使用员工身份证进行备案是不合法且存在较大风险的。酒店应该严格遵守相关法律法规，对旅客的身份信息进行准确、完整的登记，并保护其隐私不受侵犯。如果酒店存在违规行为，不仅可能面临法律处罚，还可能损害其声誉和信誉，影响长期发展。

因此，我建议您如果遇到酒店要求使用员工身份证进行备案的情况，应该坚决拒绝，并向相关部门进行举报，以维护自己的合法权益和社会的公平正义。