针对您提出的“正式职工逾期怎么处理”的问题，这实际上涉及多个方面，包括但不限于工作纪律、工资扣除、以及特定情况如工伤认定的逾期处理等。以下我将结合您提供的参考信息，给出一个详细且分层次的解答：
一、工作纪律与工资扣除
迟到、早退等轻微违纪：
- 通常情况下，公司可以通过规章制度规定对迟到的劳动者扣除相应未提供劳动时间对应的工资部分。但扣除的金额应当合理，不能超出员工正常日薪的范畴，否则可能被视为违法。
- 例如，若公司规定每月迟到超过3次，从第4次开始每迟到1次视为旷工1天，并扣当月工资的8%，这种规定如果导致扣除的工资远超过员工实际未提供劳动的价值，则可能被法院认定为不合理。
严重违纪或造成损失：
- 如果员工因个人原因（如工作失职）给公司造成经济损失，公司可以根据经济损失的具体数额，月扣除劳动者部分工资，但扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则公司应按最低工资标准支付。
其他非法扣除工资的情况：
- 包括但不限于：请假扣3倍工资、工作绩效未达标扣工资（除非合同或规章制度中有明确规定且合理）、孕期产检扣工资、以捐赠为由扣工资、员工辞职扣工资等，这些均属于违法行为。
二、特定情况下的逾期处理
工伤认定逾期：
- 根据《工伤保险条例》，职工申请工伤认定的时限为受到事故伤害之日起1年内。但如果存在不属于职工或者其近亲属自身原因超过工伤认定申请期限的（如不可抗力、人身自由受到限制等），被耽误的时间不计算在工伤认定申请期限内。
- 如果职工逾期提出工伤认定申请，且无法定事由，人社部门可以作出不予受理决定。但在此之前，人社部门应对逾期申请是否存在特殊情况和正当理由进行调查核实。
其他合同或协议中的逾期：
- 如果职工与公司之间有其他合同或协议（如借款协议、培训协议等）中规定了特定的履行期限，且职工逾期未履行，公司可以根据合同或协议中的约定进行处理。但处理方式应当合法、合理，且不得违反劳动法律法规的强制性规定。
三、建议与总结
- 对于公司：在制定规章制度时，应确保规定合法、合理且善意，避免扩大劳动者违纪结果或加重劳动者违纪责任。同时，在处理员工逾期或违纪情况时，应遵循公平、公正的原则，确保处理结果既符合公司利益，也保障员工合法权益。
- 对于员工：应严格遵守公司的规章制度和劳动合同中的约定，按时履行各项义务。如果因特殊情况无法按时履行，应及时与公司沟通并寻求解决方案。如果认为公司的处理方式不合理或违法，可以通过劳动仲裁或法律途径维护自己的权益。
综上所述，正式职工逾期的处理方式取决于具体情况和公司的规章制度。在处理过程中，公司应确保合法、合理且善意，员工也应积极沟通并寻求合理解决方案。