结论前置：合同中约定了仲裁条款的情况下，一般不能直接向人民法院起诉要求确认合同无效或解决其他争议，但存在仲裁协议无效等特殊情形时，可以直接起诉。

一、一般情形：合同约定仲裁，不能直接起诉

根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这一条款确立了仲裁协议排除司法管辖的基本原则。因此，在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，当事人应当按照仲裁协议的约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行裁决，而不能直接向人民法院提起诉讼。

二、特殊情形：仲裁协议无效，可以直接起诉

尽管合同中约定了仲裁条款，但在某些特殊情况下，仲裁协议可能被认定为无效，此时当事人可以直接向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条的规定，以下情形导致仲裁协议无效：

1. 约定事项超出法定仲裁范围：如婚姻、收养、监护、扶养、继承等涉及身份关系的纠纷，不属于仲裁的受理范围。
2. 无民事行为能力人或限制行为能力人订立：无民事行为能力人或限制民事行为能力人缺乏订立仲裁协议的民事行为能力，因此其订立的仲裁协议无效。
3. 一方采取胁迫手段迫使对方签订：如果一方以胁迫手段迫使对方订立仲裁协议，那么该仲裁协议将被认定为无效。
4. 内容违反法律强制性规定：如果仲裁协议的内容违反了法律的强制性规定，那么该仲裁协议也将被认定为无效。

举例说明：假设甲乙两公司签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。然而，在合同履行过程中，双方发生了争议。如果仲裁协议存在上述无效情形之一，比如仲裁协议是甲公司采取胁迫手段迫使乙公司签订的，那么乙公司就有权直接向人民法院提起诉讼，要求解决争议。

三、其他注意事项

1. 审查仲裁协议的有效性：在签订合同时，当事人应当仔细审查仲裁协议的内容，确保其真实意愿的表达，并明确约定仲裁机构和仲裁事项。如果仲裁协议存在约定不明或无效的情形，应当及时与对方协商补充协议或重新签订仲裁协议。
2. 遵守程序要求：在存在有效仲裁协议的情况下，当事人应当严格按照仲裁协议的约定行事，及时向选定的仲裁委员会提交申请，并遵守仲裁程序的相关规定。
3. 关注时效问题：无论是仲裁还是诉讼，都存在时效问题。当事人应当在法定的时效期间内提起仲裁或诉讼，否则可能会丧失胜诉权。

温馨提示：在处理合同纠纷时，如果合同中约定了仲裁条款，但您认为该仲裁协议可能存在无效情形或您希望直接通过诉讼解决争议，建议您及时咨询专业律师（即我本人），以便获取更准确的法律意见和帮助。