结论：医疗期内只发基本工资，解除劳动合同是否吃亏，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：

从医疗期工资支付规定角度

根据相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。如果单位在医疗期内只发基本工资，且该基本工资不低于当地最低工资标准的80%，那么从工资支付规定层面来看，单位的行为是合法的。此时解除劳动合同，若解除理由合法且程序合规，劳动者可能不会因工资问题额外获得更多补偿，但也不存在因工资支付问题而“吃亏”在工资方面的特殊情形。不过，如果基本工资低于当地最低工资标准的80%，单位就涉嫌违法，劳动者有权要求单位补足差额，这种情况下解除劳动合同，劳动者可就工资差额部分主张权益，从这个角度看，劳动者之前未获得足额工资，解除劳动合同时在工资权益上有一定“损失”。

从解除劳动合同合法性角度

1. 单位合法解除：如果单位解除劳动合同是依据《劳动合同法》规定的合法情形，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等，那么单位解除劳动合同的行为合法。此时，劳动者主要关注的是解除劳动合同的经济补偿或赔偿问题。若单位在医疗期内合法解除，一般不需要支付经济补偿（除符合特定情形如单位提出协商解除等），但需要确保工资支付符合前面提到的标准。劳动者在这种情况下，若之前工资支付合法，解除劳动合同主要是失去了工作机会，不存在因工资支付问题而额外“吃亏”；若之前工资支付不合法，劳动者可同时主张工资差额和可能的解除劳动合同相关权益。
2. 单位违法解除：若单位在医疗期内违法解除劳动合同，根据《劳动合同法》规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。此时，劳动者除了可以获得违法解除劳动合同的赔偿金外，若之前工资支付不合法，还可以要求单位补足医疗期内的工资差额。所以，从获得赔偿和补足工资的角度看，劳动者后续可以通过法律途径维护权益，但在被违法解除时，失去了工作机会和可能因未及时获得足额工资而面临生活压力等，在一定程度上可以说是“吃亏”了。

从劳动者自身情况角度

1. 劳动者希望继续工作：如果劳动者本身希望继续在单位工作，而单位在医疗期内只发基本工资且要解除劳动合同，这显然不符合劳动者的意愿。劳动者不仅可能面临工资收入减少（若基本工资低且无其他补偿），还失去了工作机会，对劳动者的生活和职业发展都有不利影响，这种情况下劳动者是“吃亏”的。
2. 劳动者也希望解除劳动合同：若劳动者因自身原因（如找到更好的工作机会、身体原因无法继续从事原工作等）也希望解除劳动合同，那么单位在医疗期内只发基本工资这一因素对劳动者是否“吃亏”的影响相对较小。劳动者主要关注的是解除劳动合同的程序和可能获得的经济补偿等问题。如果单位解除程序合法且工资支付符合规定，劳动者顺利解除劳动合同，不存在明显“吃亏”情况；若单位解除程序违法或工资支付不合法，劳动者可通过法律途径主张权益。

建议：如果你遇到医疗期内只发基本工资且单位要解除劳动合同的情况，首先要保留好相关证据，如工资条、劳动合同、解除劳动合同通知等。然后根据具体情况判断单位的解除行为是否合法以及工资支付是否合规。若认为自身权益受到侵害，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问，欢迎直接向我咨询。