建设单位将管理费由施工单位支付是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法的情形
合同明确约定：
- 如果建设单位与施工单位在合同中明确约定了管理费由施工单位支付，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式是合法的。合同是双方意思自治的体现，只要双方在平等、自愿、公平的基础上达成一致，且内容合法，就应当受到法律保护。
符合行业惯例与合理范围：
- 在建筑工程领域，管理费是项目筹建至竣工财务决算期间发生的合理管理性支出，包括人员工资、办公费用等。如果建设单位收取的管理费符合行业惯例，且数额在合理范围内，那么由施工单位支付也是合法的。这里的合理范围通常指的是与市场上同类服务的收费标准相一致，确保收费的公正性和合理性。
不合法的情形
缺乏合同约定或违反约定：
- 如果合同中未明确规定管理费由施工单位支付，或者建设单位擅自改变合同约定的收费范围和标准，那么这种支付方式就是不合法的。在此情况下，建设单位无权要求施工单位支付管理费，否则可能构成违约或不当得利。
违反法律法规强制性规定：
- 任何以管理费名义进行的非法转包、违法分包行为，或者在计算和收取管理费时存在欺诈、胁迫等违法行为，都是不合法的。例如，《建筑法》严禁承包单位将全部工程转包或肢解后以分包名义分别转包，若以收取管理费掩盖此类行为，则构成违法。
费用数额不合理：
- 如果建设单位收取的管理费数额明显过高，超出合理范围，即使合同中有约定，也可能因违反公平原则而被视为不合法。此时，需结合市场情况和行业惯例进行综合判断，如果费用过高且无正当理由，那么这种支付方式就是不合法的。
综合分析与建议
在判断建设单位将管理费由施工单位支付是否合法时，应综合考虑合同条款、法律法规、行业规定及市场情况等多方面因素。如果合同中有明确约定且符合法律法规和行业规定，那么这种支付方式就是合法的；反之，则可能构成不合法收费。
建议：在签订合同时，双方应明确约定管理费的支付方式、数额及范围等事项，确保收费的合法性和合理性。如果发生纠纷或争议，可以寻求法律途径解决，比如直接向我咨询相关法律问题，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。