结论：物流企业是否有义务签署公安部要求的承诺书，需分情况讨论，主要取决于承诺书的内容、签署的法律依据以及是否符合法律法规的强制性规定。

1. 若承诺书内容合法且基于明确的法律依据

• 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》、《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，公安部门有权为了维护社会治安、保障公共安全等目的，要求特定行业或企业采取一定的安全防范措施或遵守特定的行为规范。
• 义务分析：如果承诺书的内容是为了加强物流企业的安全管理、防止违法犯罪活动等合法目的，且该要求有明确的法律依据，那么物流企业作为社会成员，有义务配合公安部门的工作，签署承诺书并履行其中的义务。

2. 若承诺书内容缺乏法律依据或超出法定权限

• 法律依据缺失：如果公安部门要求物流企业签署的承诺书内容缺乏明确的法律依据，或者超出了其法定权限范围，那么物流企业有权拒绝签署。
• 权利保护：物流企业作为市场主体，其合法权益受法律保护。在面对无法律依据或超出法定权限的要求时，物流企业可以通过合法途径维护自己的权益，如向相关部门投诉、寻求法律援助等。

3. 实际操作中的建议

• 审慎审查：物流企业在收到公安部门要求签署承诺书的通知时，应首先审慎审查承诺书的内容，确认其是否合法、合理且有必要。
• 咨询专业意见：如果物流企业对承诺书的内容或签署的必要性存在疑问，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以便更好地了解自己的权利和义务。
• 积极配合与沟通：在确认承诺书内容合法且有必要签署的情况下，物流企业应积极配合公安部门的工作，签署承诺书并履行其中的义务。同时，也可以与公安部门进行沟通，就承诺书的具体内容或执行方式提出自己的意见和建议。

4. 可能的法律后果

• 签署后的义务履行：如果物流企业签署了承诺书，就应当按照承诺书的内容履行相应的义务。如果未能履行或履行不当，可能会面临法律责任，如被处以罚款、责令整改等。
• 拒绝签署的后果：如果物流企业拒绝签署承诺书，且该要求有明确的法律依据，那么物流企业可能会面临公安部门的处罚或采取其他强制措施。但如果是无法律依据或超出法定权限的要求，物流企业拒绝签署则不会承担法律责任。

总结：物流企业是否有义务签署公安部要求的承诺书，需根据承诺书的内容、签署的法律依据以及是否符合法律法规的强制性规定来判断。在面对此类要求时，物流企业应审慎审查、咨询专业意见，并根据实际情况做出决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。