结论：工程已实施完成但甲方工程变更手续未完善的情况下，是否可以申请竣工验收，需根据具体情况判断，一般而言，若变更内容不影响工程主体结构安全及主要使用功能，且符合相关法规及合同约定，可申请竣工验收；若变更内容影响上述方面或不符合法规及合同约定，则需完善变更手续后再申请。

分析说明：

1. 法规层面：

   • 根据《建设工程质量管理条例》等相关法规，建设工程竣工验收需满足一定条件，包括完成建设工程设计和合同约定的各项内容，有完整的技术档案和施工管理资料，有工程使用的主要建筑材料、建筑构配件和设备的进场试验报告，有勘察、设计、施工、工程监理等单位分别签署的质量合格文件，以及有施工单位签署的工程保修书等。
   • 若工程变更未涉及上述关键内容，或变更后仍满足上述条件，则变更手续未完善可能不构成竣工验收的障碍。但若变更内容影响了工程主体结构安全或主要使用功能，则必须完善变更手续，确保工程符合设计要求及安全标准后，方可申请竣工验收。

2. 合同层面：

   • 建设工程合同中通常会约定工程变更的处理方式及竣工验收的条件。若合同中明确规定了工程变更需经甲方书面确认或办理相关手续后，方可进行后续施工及验收，则乙方需遵守合同约定，完善变更手续后再申请竣工验收。
   • 若合同未明确规定或规定不明确，则双方可协商解决。在协商过程中，乙方应提供充分的证据证明变更内容不影响工程质量和安全，以争取甲方的同意进行竣工验收。

3. 实际操作层面：

   • 在实际操作中，即使工程变更手续未完善，若变更内容较小且不影响工程整体质量和安全，乙方也可与甲方沟通，说明情况并提交相关证明材料，争取甲方的理解和支持，先行进行竣工验收。但此做法存在一定风险，若甲方不同意或后续出现质量问题，乙方可能需承担相应责任。
   • 因此，从风险防控的角度出发，建议乙方在申请竣工验收前，尽量完善工程变更手续，确保工程符合法规及合同要求，以避免不必要的纠纷和损失。

建议与行动：

• 建议：乙方在工程实施过程中，应密切关注工程变更情况，及时与甲方沟通并办理相关手续。若变更手续确实无法及时完善，应评估变更内容对工程质量和安全的影响，并与甲方协商解决方案。
• 行动：若乙方决定申请竣工验收，应准备充分的证明材料，包括工程变更情况说明、变更内容对工程质量和安全的影响评估报告等，以证明工程符合竣工验收条件。同时，乙方也可考虑邀请第三方机构进行工程质量和安全评估，以增加说服力。

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