结论：农用地上违法建筑被行政机关作出没收后进行拍卖时，建筑物通常是和土地一并拍卖的，但具体还需根据土地性质、相关法律法规及政策规定来确定。以下从不同角度进行分析：

一、从土地与建筑物不可分割的角度分析

在大多数情况下，土地和其上的建筑物是不可分割的整体。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，土地使用权和建筑物所有权通常是一并转让的。因此，当农用地上的违法建筑被没收并准备拍卖时，为了保持土地和建筑物的完整性，以及确保拍卖后买受人能够正常使用和处置该财产，行政机关通常会选择将土地和建筑物一并拍卖。

二、从法律法规及政策规定的角度分析

1. 土地管理法相关规定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，农村集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。但是，如果违法建筑已经存在，并且被行政机关没收，那么在拍卖时，需要考虑到土地和建筑物的整体性，以及拍卖后土地用途的合规性。
   • 在某些情况下，如果土地性质允许（如转为建设用地），并且符合相关规划和政策要求，那么土地和建筑物可以一并拍卖给符合条件的买受人，用于合法的建设活动。

2. 拍卖相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国拍卖法》的规定，拍卖标的应当是委托人所有或者依法可以处分的物品或者财产权利。在农用地上违法建筑被没收的情况下，行政机关作为委托人，有权对土地和建筑物进行拍卖。
   • 拍卖过程中，需要遵循公开、公平、公正的原则，确保拍卖标的的价值得到充分体现，同时保护买受人的合法权益。

三、特殊情况下的处理

1. 土地性质限制：

   • 如果农用地性质不允许转为建设用地，或者拍卖后土地用途不符合相关规划和政策要求，那么土地和建筑物可能无法一并拍卖。在这种情况下，行政机关可能需要先对土地进行复垦或者恢复原状，然后再对建筑物进行单独拍卖（如果可能的话）。

2. 政策规定差异：

   • 不同地区对于农用地上违法建筑的处理政策可能存在差异。有些地区可能更加严格，要求必须先将土地恢复原状后再进行拍卖；而有些地区则可能更加灵活，允许在符合一定条件下将土地和建筑物一并拍卖。

四、法律建议

• 对于行政机关：在拍卖农用地上违法建筑时，应充分考虑土地性质、相关法律法规及政策规定，确保拍卖行为的合法性和合规性。同时，应公开拍卖信息，确保拍卖过程的公开、公平、公正。
• 对于潜在买受人：在参与拍卖前，应仔细了解拍卖标的的土地性质、用途限制以及相关法律法规和政策规定。确保自己具备合法的购买资格和用途规划，避免因不了解情况而引发法律纠纷。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。