结论：国有土地上的违法建筑是可以被没收的，但这一过程需严格遵循法定程序和条件。
一、法律依据与没收条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 《中华人民共和国土地管理法》第七十七条也规定，对非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，符合土地利用总体规划的，予以没收，并可并处罚款。
没收条件：
- 实质性违法：建筑物必须未经规划土地主管部门批准，未领取建设工程规划许可证或未按照许可证规定进行建设。
- 无法改正：违法行为已达到无法通过补办手续、罚款等方式纠正的程度，即无法采取改正措施消除对规划实施的影响。
- 公共利益考量：保留建筑物可能严重损害城乡规划秩序或公共安全。
二、没收程序与执行
调查认定：
- 由城乡规划主管部门联合自然资源部门开展现场勘查，收集土地性质、建设时间等证据。
- 通过卫星影像比对、产权登记查询等手段核实建筑物合法性。
- 制作《违法建筑认定书》，明确违法事实及拟处理意见。
听证告知：
- 向当事人送达《行政处罚事先告知书》，告知陈述申辩权利。
- 对重大案件组织听证会，允许当事人提交证据并质证。
- 根据听证结果调整处罚决定，确保程序正当性。
没收执行：
- 政府作出没收决定后，由不动产登记机构办理产权变更登记。
- 被没收建筑物纳入国有资产管理，可用于公益用途（如社区服务中心、公共停车场等）。
- 特殊情况下可依法拍卖变现，所得款项上缴国库。
三、没收后的处理与利用
公益事业利用：
- 对于符合规划且结构安全的没收建筑物，可以优先考虑将其用于公益事业，如社区服务中心、文化活动站等。
- 政府相关部门应组织专业评估，确定建筑物的使用功能和改造方案，并通过公开招标等方式选择运营单位。
国有资产管理：
- 对于具有经济价值但暂时无法直接利用的没收建筑物，可以将其纳入国有资产管理范畴。
- 通过出租、出售等方式实现资产保值增值，所得收益上缴国库。同时，加强对国有资产的管理和监督。
拆除与复垦：
- 对于不符合规划要求、存在安全隐患或严重影响城市形象的没收建筑物，应及时予以拆除。
- 拆除后的土地应按照规划要求进行复垦或绿化，恢复土地原状，提高土地利用效率。
四、风险防控与注意事项
程序瑕疵风险：
- 未履行听证程序可能导致行政诉讼败诉。因此，务必确保所有法定程序得到严格遵守。
- 建议制作全程执法记录，保存勘验笔录、询问笔录等关键证据。
执行阻力应对：
- 对拒不配合者申请法院强制执行。同时，建立多部门联动机制，提前制定应急预案。
社会稳定考量：
- 在处理涉及民生类违建时（如老旧小区顶楼加建），需谨慎评估社会影响。
- 探索“拆改结合”模式，优先保障居民基本居住需求，减少社会矛盾。
总结与建议：国有土地上的违法建筑在符合法定条件时是可以被没收的。相关部门应严格依法行政，确保执法程序的合法性和公正性。同时，公众也应增强法律意识，遵守相关法律法规，避免参与违法建筑活动。对于已存在的违法建筑，建议尽快整改或拆除，以避免不必要的法律风险和损失。如果您在房产领域遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。