违法占用建设用地，自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，并可能依据相关法律法规采取罚款、没收违法所得、限期拆除或没收建筑物等后续措施；情节严重者还可能面临刑事责任的追究。以下是对这一问题的详细分析：
一、责令退还非法占用土地
- 意义：责令退还非法占用的土地是自然资源主管部门对违法占地行为进行纠正的重要行政措施，旨在恢复土地的合法使用状态，保护土地资源合理利用及土地所有者、使用者的合法权益。
- 执行主体：县级以上人民政府自然资源主管部门负责具体实施这一措施。
二、后续可能的处罚措施
限期拆除或没收建筑物：
- 若违法者在非法占用的土地上建有建筑物或其他设施，且该建设不符合土地利用总体规划，主管部门将限期要求拆除；若符合规划，则可能没收这些建筑物和设施。
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
罚款：
- 除了上述措施外，主管部门还可以对违法者处以罚款，作为对其违法行为的经济制裁。
处分责任人员：
- 对于非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法给予行政处分。
刑事责任：
- 如果违法占用土地的行为构成犯罪，如涉及诈骗、滥用职权等，违法者还将面临刑事责任的追究。
三、特殊情况下的处理
- 没收的违法占地建筑物处理：
- 对于没收的违法占地建筑物，其处理方式需遵循法律法规，并结合实际情况灵活处理。例如，可以依法拆除、保留使用（包括补办手续和临时使用）以及其他特殊处理方式（如迁移和改造）。
- 保留使用的条件：当没收建筑物拆除会造成资源巨大浪费或对社会公共利益不利时（如已投入使用的公共服务设施、工业厂房等），经相关部门评估和审批，可允许保留使用。但责任人需按规定补办用地审批等手续，缴纳罚款和土地出让金等，使建筑物合法化。
四、法律建议
- 任何单位或个人在使用土地时，都应严格遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，确保土地的合法使用和管理。
- 在进行土地开发或建设活动前，务必咨询专业法律人士，了解相关法律规定和程序，避免违法行为带来的法律风险和经济损失。
- 若已经发生了违法占用建设用地的行为，应尽快与自然资源主管部门沟通，了解具体的处罚措施和整改要求，积极配合整改工作，以减轻可能的法律后果。
综上所述，违法占用建设用地不仅可能面临责令退还土地和罚款等行政处罚，还可能面临没收建筑物、处分责任人员甚至刑事责任等严重后果。因此，务必严格遵守相关法律法规，确保土地使用的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。