违法用地查处过程中，行政机关有权依法查扣、没收违法用地上的建筑物或其他设施，但需严格遵循法定程序和条件。具体分析如下：

1. 查扣、没收的法律依据

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条、第七十八条及《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条、第六十八条等规定：

• 违法用地情形：包括未经批准占用土地、超过批准数量占用土地、擅自改变土地用途等行为。
• 行政机关权限：县级以上人民政府自然资源主管部门（或城乡规划主管部门）有权对违法用地行为进行查处，包括责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、构筑物等。
• 没收对象：针对“无法采取改正措施消除影响”的违法建筑，行政机关可依法没收实物或违法收入。

2. 查扣、没收的程序要求

行政机关实施查扣、没收需严格遵守法定程序，否则可能构成程序违法：

• 调查取证：需通过现场勘验、询问当事人、调取书证等方式固定违法事实。
• 告知权利：作出没收决定前，应告知当事人陈述、申辩权，符合听证条件的需组织听证。
• 决定与送达：作出没收决定后，需以书面形式送达当事人，并说明救济途径（如行政复议、行政诉讼）。
• 执行与登记：没收后需依法办理不动产登记，将没收财产移交财政部门或指定机构管理。

3. 查扣、没收的限制条件

• 比例原则：行政机关应选择对当事人权益损害最小的方式处理，例如优先责令改正而非直接没收。
• 历史遗留问题：对符合规划但手续不全的建筑，可能通过补办手续、罚款等方式处理，而非一律没收。
• 司法审查：当事人对没收决定不服的，可通过行政复议或行政诉讼主张权利，法院将审查行政行为的合法性。

4. 实务建议

• 对行政机关：需严格区分“违法用地”与“合法但手续瑕疵”的情形，避免滥用没收权力。
• 对当事人：若收到没收决定，应及时委托律师分析行政行为的合法性，通过法律途径维护权益。

如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我提问。