针对运输公司自查发现虚开票的问题，这是一个涉及税务合规和法律责任的严肃事项。以下是根据相关法律法规和税务实践，为您提供的详细处理建议：

一、虚开发票的定义与法律后果

首先，需要明确虚开发票的定义。根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关司法解释，虚开发票主要包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。虚开发票是违法行为，不仅可能导致税务处罚，还可能涉及刑事责任。

二、自查发现虚开发票的处理步骤

1. 立即停止虚开行为：一旦发现虚开发票，运输公司应立即停止此类行为，并确保所有后续发票开具均符合实际经营业务情况。

2. 内部调查与整改：开展内部调查，查明虚开发票的具体原因、涉及范围和金额。根据调查结果，制定整改措施，包括加强内部控制、完善发票管理制度、培训相关人员等，以防止类似问题再次发生。

3. 主动向税务机关报告：运输公司应主动向当地税务机关报告虚开发票的情况，并配合税务机关的调查和处理。主动报告可以体现公司的诚信态度，有助于减轻可能的税务处罚。

4. 处理已虚开的发票：

   • 对于尚未抵扣进项税款或办理出口退税的虚开发票，不得进行抵扣或退税操作。
   • 对于已经抵扣进项税款或取得出口退税款的虚开发票，应依法进行进项税额转出或交回已退税款。

5. 寻求专业税务咨询：在处理虚开发票问题时，运输公司可以寻求专业税务咨询机构的帮助，以确保处理方式的合法性和合规性。

三、善意取得虚开发票的特殊情况处理

如果运输公司在不知情的情况下善意取得了虚开的发票，并用于进项抵扣或办理出口退税，根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》，公司可以不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；若能够重新从销售方取得合法、有效专用发票的，依法准予抵扣进项税款或者出口退税。

四、加强财务管理与风险防范

为了避免类似问题的再次发生，运输公司应加强财务管理和风险防范措施：

• 完善发票管理制度：建立严格的发票开具、接收、审核和保管制度，确保所有发票均符合实际经营业务情况。
• 加强员工培训：定期对财务人员和相关业务人员进行税务法规培训，提高他们的税务合规意识和风险防范能力。
• 利用税务查询渠道：充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台等，对取得的发票真伪进行查验。

五、法律责任与风险提示

虚开发票不仅可能导致税务处罚，还可能涉及刑事责任。根据《全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》，虚开增值税专用发票的，可能面临有期徒刑、拘役和罚金等刑事处罚。因此，运输公司必须高度重视税务合规问题，确保所有经营活动均符合法律法规要求。

综上所述，运输公司在自查发现虚开发票问题时，应立即停止虚开行为、开展内部调查与整改、主动向税务机关报告、处理已虚开的发票，并加强财务管理与风险防范措施。同时，应充分认识到虚开发票的法律后果和风险，确保公司经营活动合法合规。