核心结论：乙方未依约办理权属变更登记，甲方自行办理土地证后土地归属需分情况讨论，乙方可能面临合同违约责任及物权变动风险，具体如下：

1. 若协议合法有效且甲方办理程序合法，土地权属可能归甲方所有
   根据《民法典》第215条，物权变动以登记为准。若协议明确约定乙方需配合办理权属变更登记（如土地使用权转让），但乙方未履行义务，甲方通过合法途径（如自行申请、诉讼后强制执行等）完成登记，且登记程序无瑕疵（如材料真实、符合规划等），则土地权属依法转移至甲方名下。此时乙方无权主张所有权，但需承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。

2. 若协议存在效力瑕疵或甲方办理程序违法，乙方可能保留部分权利

   • 协议无效情形：若协议因违反法律强制性规定（如未履行土地出让金缴纳、未经审批等）或恶意串通损害第三人利益被认定无效，则甲方无法基于无效协议取得土地权属，乙方可能需返还已收款项，但土地权属需根据原始登记或实际使用情况另行确定。
     
   • 程序违法情形：若甲方通过伪造材料、冒名签字等非法手段办理登记，乙方可依据《民法典》第234条主张物权保护，要求撤销错误登记并恢复原状，同时追究甲方侵权责任。

3. 乙方未办理登记的违约责任承担
   无论土地最终归属如何，乙方未履行协议约定的变更登记义务，均构成违约。甲方可依据《民法典》第577条要求乙方：

   • 继续履行（如配合补办登记）；
     
   • 赔偿损失（如甲方因延迟登记产生的税费、诉讼费用等）；
     
   • 支付违约金（若协议有约定）。
     若乙方拒不履行，甲方可通过诉讼申请强制执行。

建议行动：

• 乙方应立即核查协议效力及甲方办理登记的具体程序（如是否公告、是否通知乙方到场等）；
  
• 若发现程序违法，及时向不动产登记机构提出异议登记，并起诉确认协议无效或撤销登记；
  
• 若协议有效且自身确属违约，可与甲方协商赔偿方案，避免诉讼成本扩大。
  

如有进一步细节（如协议具体条款、登记材料内容等），可向我补充说明，以便更精准分析。