核心结论：在已办理房产过户但未办理土地过户且涉及拆迁还建房的情况下，若合同明确约定由甲方负担相关责任，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 合同效力与责任划分
   根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。若合同中明确约定“土地过户手续及拆迁还建相关责任由甲方承担”，则甲方需履行以下义务：

   • 补办土地过户手续：甲方应主动协调土地管理部门，完成土地使用权过户至乙方名下的程序（需符合《城市房地产管理法》第42条关于房地一体转让的规定）。
     
   • 承担拆迁补偿权益：若房屋已纳入拆迁范围，甲方需确保乙方作为房产所有权人获得全部拆迁补偿（包括房屋价值补偿、搬迁安置费等），并配合乙方与拆迁方签订补偿协议。
     
   • 违约责任：若甲方未履行上述义务，乙方有权依据合同约定要求甲方支付违约金或赔偿实际损失（如因延迟过户导致的补偿款减少）。

2. 拆迁还建房的特殊处理
   若拆迁还建房涉及“原地回迁”或“异地安置”，需注意：

   • 回迁房产权归属：若拆迁协议以原房产所有权人（乙方）名义签订，回迁房产权应直接登记至乙方名下，甲方不得主张权益。
     
   • 过渡期权益保障：甲方需确保乙方在拆迁过渡期间的临时安置费、停产停业损失等补偿足额发放，否则需承担补充赔偿责任。
     
   • 土地性质变更风险：若原土地为划拨用地，拆迁后可能需补缴土地出让金。合同未约定时，根据《民法典》第510条，应由甲方承担（因其未完成土地过户义务导致土地性质未变更）。

3. 行政程序与司法救济

   • 行政协调：乙方可持房产证、合同等材料，向当地自然资源部门申请督促甲方办理土地过户，或直接要求将土地使用权变更至自己名下（依据《不动产登记暂行条例》第14条）。
     
   • 诉讼路径：若甲方拒不履行合同，乙方可起诉要求：
     
     • 确认合同效力并判令甲方限期办理土地过户；
       
     • 赔偿因拆迁导致的损失（如补偿款差额、租金损失等）；
       
     • 支付违约金（合同有约定时）。
       
   • 证据固定：建议乙方保存房产证、土地权属证明、合同、拆迁公告、补偿协议等材料，作为维权依据。

风险提示：若拆迁方已与甲方签订补偿协议且款项已发放，乙方需尽快通过诉讼确认自身权益，并申请财产保全防止甲方转移资金。具体操作需结合当地拆迁政策及合同条款进一步分析，建议提供完整材料后进一步咨询。