当建设单位对工程结算不同意时，可以按照以下步骤来处理，以确保自身权益得到充分保障，并依法合规地解决问题：
明确争议焦点与依据
- 梳理争议点：建设单位应首先仔细分析工程结算中不认可的具体内容，是工程量计算、单价确定、费用计取还是其他方面，明确双方的分歧所在。
- 核对合同条款：回顾施工合同中的相关条款，特别是关于结算方式、计价标准、变更调整等关键内容，确保结算过程严格遵循合同约定，为争议解决提供依据。
积极沟通与协商
- 组织会议讨论：邀请施工单位代表、审计人员（如有）及相关专家召开会议，就争议问题进行深入讨论，通过面对面交流，增进理解，寻求共识。
- 提供详细解释：针对建设单位不认可之处，施工单位或审计人员应提供详细的结算说明和计算依据，解释结算过程中的合理性和公正性，消除误解。
- 考虑合理诉求：在坚持原则的基础上，充分考虑施工单位的合理诉求和实际情况，对于确实存在误差或不合理的地方，应及时进行调整和纠正。
寻求第三方协助
- 申请调解：若双方无法达成一致意见，可申请行业协会、专业机构或政府相关部门进行调解，调解过程中，应保持客观公正的态度，积极配合调解工作。
- 申请仲裁或诉讼：如调解无果，且合同中约定了仲裁条款或双方同意通过法律途径解决争议，则可向约定的仲裁委员会申请仲裁或直接向人民法院提起诉讼。在此过程中，需准备充分的证据材料，包括结算报告、合同文件、施工记录等，以支持自身主张。
证据收集与保存
- 在整个处理过程中，建设单位应特别注意收集和保存与工程建设、结算相关的各类证据材料，这些证据将在后续可能的法律程序中发挥重要作用。
预防与改进
- 总结经验教训：对本次争议解决过程进行全面总结，分析原因，找出问题所在，为今后的工程结算工作提供借鉴和改进方向。
- 完善管理制度：加强工程结算的规范化管理，建立健全结算制度和流程，提高结算工作的准确性和公正性。
- 加强合同管理：在签订施工合同时，应明确结算方式、计价标准、变更调整等重要条款，减少因合同条款不清而产生的争议和纠纷。
示例说明：假设建设单位与施工单位在工程结算时，对某部分工程的工程量计算存在分歧。建设单位可以首先核对合同中关于工程量计算的规定，然后组织双方代表和专家进行会议讨论，提供详细的计算依据和解释。如果仍无法达成一致，可以申请行业协会进行调解，或者根据合同中的仲裁条款向仲裁委员会申请仲裁。在整个过程中，建设单位应保存好所有相关的证据材料，以备不时之需。
法律后果提示：如果建设单位未能按照上述步骤妥善处理工程结算争议，可能会导致工程款支付延误、法律纠纷升级等不利后果。因此，建议建设单位在处理此类问题时，务必保持冷静、理性，依法合规地维护自身权益。
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