协议是否有效，关键在于协议内容是否真实反映了双方的真实意思表示，以及是否存在其他导致协议无效或可撤销的情形。针对您提出的“签协议单位与应聘时候看到的单位不一致，协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：
协议主体不一致，但双方真实意思表示一致：
- 如果您在签订协议时，明确知晓并同意协议中的单位与应聘时看到的单位不一致，且这种不一致并未对您的权益造成实质性影响（例如，两个单位存在关联关系，且您的职位、薪资、工作地点等关键条款均未发生变化），那么该协议通常是有效的。因为此时协议内容真实反映了双方的真实意思表示，符合合同成立的要件。
协议主体不一致，且存在欺诈或误导：
- 如果您在签订协议时，被误导或欺诈，以为协议中的单位就是应聘时看到的单位，而实际上两者并不一致，且这种不一致对您的权益产生了实质性影响（例如，您原本应聘的是一家知名企业，但实际签订协议的却是一家与其无关联的小公司，且职位、薪资等关键条款均有所降低），那么该协议可能因存在欺诈或误导而无效或可撤销。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
协议主体不一致，但符合表见代理或职务代理的情形：
- 在某些特殊情况下，即使协议主体与应聘时看到的单位不一致，也可能因符合表见代理或职务代理的情形而认定协议有效。例如，如果应聘时看到的单位的工作人员在签订协议时，出示了足以让您相信其有权代表该单位签订协议的授权文件或证明，且您在签订协议时并无过错，那么该协议可能因符合表见代理或职务代理的情形而被认定有效。但这种情况需要具体分析，且通常涉及较为复杂的法律判断。
建议：
- 在签订任何协议前，务必仔细阅读协议内容，特别是协议主体、职位、薪资、工作地点等关键条款，确保与您应聘时的了解一致。
- 如果发现协议主体与应聘时看到的单位不一致，务必要求对方说明原因，并核实其真实性。如有必要，可以要求对方提供相关的证明文件或授权文件。
- 如果您对协议内容存在疑问或担忧，建议不要轻易签订，而是寻求专业法律人士的帮助，以确保您的权益得到保障。
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