在两份内容一致的建设工程施工合同无法确定哪个是实际履行合同的情况下，法院通常会根据一系列因素和证据来综合认定实际履行的合同。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同签订与履行过程中的实际行为：

   • 法院会首先审查双方当事人在合同签订及履行过程中的实际行为。这包括但不限于工程款的支付记录、施工进度报告、工程变更签证、材料采购单据等。这些实际行为往往能直接反映哪份合同是双方真实意思表示并实际履行的。
   • 例如，如果一方按照其中一份合同的约定支付了工程款，且另一方也按照该合同的约定进行了施工，那么这份合同就很可能被认定为实际履行的合同。

2. 合同备案与登记情况：

   • 如果其中一份合同已经进行了备案或登记，而另一份没有，那么备案或登记的合同在证据效力上可能会更高。因为备案或登记是行政机关对合同真实性、合法性的一种确认，具有较高的公信力。
   • 但需要注意的是，备案或登记并不是认定实际履行合同的唯一标准，法院还会结合其他证据进行综合判断。

3. 双方当事人的陈述与举证：

   • 双方当事人在诉讼过程中的陈述和举证也是法院认定实际履行合同的重要依据。如果一方能够提供充分的证据证明某份合同是实际履行的，而另一方无法提供反驳证据或反驳证据不足，那么法院可能会采纳该方的观点。
   • 例如，一方可以提供施工日志、监理报告、验收记录等证据来证明其按照某份合同的约定进行了施工。

4. 行业惯例与交易习惯：

   • 在某些情况下，法院还会考虑行业惯例和交易习惯来认定实际履行的合同。如果双方当事人在长期的业务往来中形成了某种固定的交易模式或习惯，且这种模式或习惯与其中一份合同的约定相符，那么这份合同就很可能被认定为实际履行的合同。

5. 法律原则与公平正义：

   • 在认定实际履行合同的过程中，法院还会遵循法律原则，如诚实信用原则、公平正义原则等。如果某份合同的履行明显违背了这些原则，那么法院可能会倾向于认定另一份合同为实际履行的合同。

法律建议：

• 对于双方当事人而言，在签订建设工程施工合同时，应尽可能明确合同的条款和约定，避免出现内容一致的合同。同时，在合同履行过程中，应保留好相关证据，如工程款支付记录、施工进度报告等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
• 如果确实出现了两份内容一致且无法确定哪个是实际履行合同的情况，建议双方当事人首先尝试通过协商解决纠纷。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，并积极配合法院的调查和审理工作。

可能后果：

• 如果法院最终认定了其中一份合同为实际履行的合同，那么双方当事人应按照该合同的约定履行各自的义务。如果一方不履行或履行不符合约定，另一方有权要求其承担违约责任。
• 如果双方当事人对法院的认定结果不服，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。但需要注意的是，上诉或再审并不意味着一定能够改变原判决结果，因此双方当事人在诉讼过程中应充分准备证据和理由来支持自己的主张。