结论：辞职后单位一般不能要求退还三年前多发的工资，但具体是否需要退还，需根据实际情况判断，如是否存在重大误解、单位是否在法定时效内主张权利等。

分析如下：

1. 从法律时效性角度分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果单位发现多发工资的情况，通常需要在一年内提出主张，要求员工退还。超过这个时效，单位可能丧失通过法律途径追回多发工资的权利。
   • 因此，对于三年前多发工资的情况，如果单位现在才提出要求退还，很可能已经超过了法律规定的时效期间，员工有权拒绝退还。

2. 从合同或单位规章制度角度分析：

   • 如果员工与单位之间的劳动合同或单位的规章制度中明确规定了多发工资的处理方式，如“多发工资需在发现后一定期限内退还”等，那么员工可能需要按照合同或规章制度的规定执行。但这种情况较为少见，且合同或规章制度的内容必须合法合规，不能违反法律法规的强制性规定。
   • 即便合同或规章制度中有相关规定，如果单位未在法定时效内主张权利，员工仍可以时效已过为由拒绝退还。

3. 从重大误解角度分析：

   • 如果单位能够证明多发工资是由于重大误解造成的，如财务计算错误、系统故障等，且这种误解是单位在发放工资时无法预见的，那么单位可能有权要求员工退还多发工资。但这种情况需要单位提供充分的证据来证明，且员工有权对单位的证据进行质证和反驳。
   • 即便存在重大误解，如果单位未在法定时效内主张权利，员工仍可以时效已过为由拒绝退还。

法律建议：

• 对于员工而言，如果单位提出要求退还三年前多发工资，可以首先核实单位的主张是否在法定时效期间内，以及是否存在重大误解等特殊情况。如果单位的主张已经超过时效或不存在特殊情况，员工有权拒绝退还。
• 对于单位而言，如果发现多发工资的情况，应及时与员工沟通并协商解决，同时注意在法定时效期间内主张权利。如果无法协商解决或员工拒绝退还，单位可以考虑通过法律途径追回多发工资，但需注意时效性和证据的充分性。

可能后果：

• 如果员工拒绝退还多发工资且单位无法提供充分证据证明存在特殊情况或未在法定时效内主张权利，单位可能无法通过法律途径追回多发工资。
• 如果员工同意退还多发工资或单位能够提供充分证据证明存在特殊情况且未超过法定时效，员工可能需要退还多发工资。

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