结论：建设工程被甲方考核扣款，是否可以扣项目经理的工资，不能一概而论，需根据具体情况分析，包括劳动合同、公司规章制度、考核扣款的原因及责任归属等因素。

分析如下：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 首先，需查看项目经理与公司签订的劳动合同中是否有关于考核扣款及工资调整的相关条款。如果合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能依据合同条款对项目经理的工资进行调整。
   • 其次，公司内部的规章制度也是判断依据之一。如果公司规章制度中明确规定了因工程考核扣款而调整项目经理工资的情形，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么公司可能依据规章制度执行。

2. 考核扣款的原因及责任归属：

   • 考核扣款的原因多种多样，可能是工程质量问题、工期延误、安全事故等。如果扣款是由于项目经理的直接责任导致的，那么公司可能根据责任大小对项目经理进行相应的工资调整。
   • 然而，如果扣款是由于不可抗力、甲方原因或其他非项目经理责任导致的，那么将扣款直接转嫁到项目经理工资上可能缺乏合理性。

3. 法律法规的强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
   • 如果公司因考核扣款而调整项目经理工资，必须确保调整行为符合法律法规的强制性规定，否则可能面临法律风险。

建议：

• 对于项目经理而言，如果面临因考核扣款而被调整工资的情况，首先应查看劳动合同和公司规章制度，了解自己的权益和义务。
• 如果认为公司的调整行为不合理或违法，可以与公司进行协商，要求公司说明调整工资的依据和理由。
• 如果协商无果，项目经理可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司未经合法程序擅自调整项目经理工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
• 项目经理也可能因此与公司产生劳动争议，影响双方的关系和合作。

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