工程款甲方一般不能扣工伤赔偿。以下从不同角度为你详细分析：

法律关系角度

工程款和工伤赔偿是两种不同性质的法律关系。工程款是基于建设工程施工合同，甲方（发包方）与乙方（承包方）之间因工程建设而产生的债权债务关系，甲方有义务按照合同约定支付工程款。而工伤赔偿是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系，当劳动者在工作中遭受事故伤害或患职业病时，用人单位（或工伤保险基金）应按照工伤保险相关法律法规给予劳动者相应的赔偿。这两种法律关系相互独立，不存在一方可以扣除另一方款项的法定情形。

合同约定角度

除非在建设工程施工合同中有特别约定，明确甲方可以在特定情况下从工程款中扣除工伤赔偿费用，但这种约定需要符合法律法规的规定，且不能损害劳动者的合法权益。然而，在实际情况中，这样的约定往往是不合法且无效的。因为工伤赔偿是劳动者的法定权益，用人单位不能通过合同约定的方式剥夺或限制。如果合同中有此类约定，劳动者有权向劳动争议仲裁机构或人民法院申请确认该约定无效。

实际操作角度

如果甲方试图从工程款中扣除工伤赔偿费用，乙方（承包方）可以采取以下措施维护自身权益：

1. 与甲方协商：首先尝试与甲方进行友好协商，明确指出工程款和工伤赔偿是不同的法律关系，甲方无权扣除，要求甲方按照合同约定支付工程款。
2. 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，乙方可以向当地劳动行政部门投诉，反映甲方的不当行为，劳动行政部门有权对甲方进行监督检查，并责令其改正。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动行政部门的处理未能解决问题，乙方可以依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求甲方支付工程款，并可能要求甲方承担因违法扣除款项而给乙方造成的损失。

特殊情况说明

有一种特殊情况需要注意，如果乙方作为用人单位，未依法为劳动者缴纳工伤保险费，导致劳动者发生工伤后无法从工伤保险基金获得赔偿，那么根据《工伤保险条例》的规定，用人单位应按照工伤保险待遇项目和标准支付费用。在这种情况下，如果甲方与乙方在合同中有约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，甲方可能会根据合同约定从工程款中扣除相应的工伤赔偿费用，以督促乙方履行用人单位的义务。但这种情况非常特殊，且需要严格的合同约定和法律程序支持。

建议：在实际操作中，各方应严格遵守法律法规和合同约定，确保工程款的支付和工伤赔偿的落实都符合法律规定。如果遇到相关问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。