工作考核基础工资是否可以扣款需分情况讨论，具体如下：

1. 若劳动合同或规章制度有明确约定且合法合理
   根据《劳动合同法》第三条、第四条及第十七条，用人单位与劳动者可依法约定工资构成及考核制度。若劳动合同中明确约定基础工资包含考核部分（如“基础工资=固定部分+绩效部分”），且用人单位的考核制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等）、内容合法合理（如考核标准明确、可量化），则用人单位可根据考核结果扣减绩效部分工资。但需注意：

   • 扣减后工资不得低于当地最低工资标准（《劳动法》第四十八条）；
     
   • 考核制度需向劳动者公示或告知（《劳动合同法》第四条第四款）。

2. 若劳动合同未约定或约定不明
   若劳动合同未明确基础工资包含考核部分，或用人单位未依法制定考核制度，则用人单位无权单方扣减基础工资。此时，基础工资属于劳动者提供正常劳动后应得的固定报酬，用人单位扣减可能构成未足额支付劳动报酬（《劳动合同法》第三十条），劳动者可要求补发工资或以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同并主张经济补偿（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。

3. 特殊情形下的限制

   • 孕期、产期、哺乳期女职工：根据《女职工劳动保护特别规定》，用人单位不得因考核降低其工资（《女职工劳动保护特别规定》第五条）；
     
   • 工伤职工：在停工留薪期内，用人单位需按原工资福利待遇支付工资（《工伤保险条例》第三十三条），不得以考核为由扣减；
     
   • 医疗期职工：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，用人单位需支付病假工资（不得低于当地最低工资标准的80%），不得随意扣减。

建议：

• 用人单位应完善劳动合同及考核制度，明确工资构成及考核标准，并通过民主程序公示；
  
• 劳动者若遭遇不合理扣减，可先与用人单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 具体操作需结合地方性法规（如部分省份对病假工资有更高要求）及个案证据综合判断。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。