单位在合同到期后扣押员工档案是违法的，以下从多个角度为你详细分析：

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：明确规定，用人单位在解除或者终止劳动合同时，必须出具相应的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这是用人单位的法定义务，旨在保障劳动者的合法权益，确保其在离职后能够顺利入职新单位或进行其他相关事务。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第九条：进一步强调，用人单位在招用劳动者时，不得扣押其居民身份证和其他证件，也不得以任何名义向劳动者收取财物。人事档案作为劳动者的重要个人文件，同样受到此条款的保护，不得被用人单位无故扣押。
3. 《企业职工档案管理工作规定》第十八条：规定当企业职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退时，原所在单位应在一个月内将其档案转交至新的工作单位或户口所在地的街道劳动（组织人事）部门。这一规定进一步细化了档案转移的具体时间和接收单位，确保了档案转移的及时性和准确性。

违法后果

1. 法律责任：若用人单位违反法律规定，扣押劳动者档案，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者本人，并对单位处以每人五百元以上二千元以下的罚款。这是法律对单位非法扣押档案行为的直接制裁。
2. 赔偿责任：如果因单位扣押档案给员工造成损害，如影响就业、社保缴纳等，单位还需依法承担赔偿责任。这进一步强调了单位在档案管理上的法定义务和违规成本。

特殊情况处理

尽管一般情况下单位不得扣押档案，但在某些特殊情况下，如员工尚未完成工作交接或存在未结清的财务事项时，单位可与员工进行沟通协调，待相关事项解决后再办理档案转移。然而，这并不意味着单位可以无限期扣押档案，而应在合理时间内与员工协商解决问题，并尽快完成档案转移手续。

员工应对建议

面对单位非法扣押档案的情况，员工应首先尝试与单位进行协商，要求其依法办理档案转移手续。若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或寻求法律援助，通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应特别注意保留相关证据，如劳动合同、解除或终止劳动合同的证明、与用人单位的沟通记录等。这些证据将在后续的仲裁或诉讼中发挥关键作用，帮助员工证明自己的主张。

综上所述，单位在合同到期后扣押员工档案是违法的，不仅违反了《中华人民共和国劳动合同法》和《企业职工档案管理工作规定》的相关规定，还严重损害了劳动者的合法权益。因此，劳动者在遭遇此类情况时，应积极采取措施维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。