结论前置：公司签订的合同中约定“不干满半年扣两千”的条款，一般不具有法律效力，该条款可能因违反法律强制性规定或显失公平而被认定无效。以下从不同角度详细分析：

一、从法律强制性规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条和第二十三条的规定，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的情形仅限于两种：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期，劳动者违反服务期约定的；二是用人单位与劳动者约定竞业限制条款，劳动者违反竞业限制约定的。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。

具体到本题：

• 合同中“不干满半年扣两千”的条款，显然不属于上述两种法定情形之一。
• 该条款实质上是对劳动者提前解除劳动合同的一种经济惩罚，违反了法律的强制性规定。
• 因此，从法律强制性规定的角度来看，该条款不具有法律效力。

二、从显失公平角度分析

显失公平是指一方当事人利用对方处于困境，或者缺乏判断能力等情况下，与对方实施的对自己明显有重大利益而使对方明显不利的民事法律行为。在劳动合同中，如果用人单位利用其优势地位，在合同中设置对劳动者明显不利的条款，如高额违约金、不合理的扣款等，这些条款可能因显失公平而被认定无效。

具体到本题：

• “不干满半年扣两千”的条款，对劳动者而言，显然是不公平的。劳动者可能因为各种原因（如个人发展、家庭原因等）需要提前解除劳动合同，而该条款却对其设置了高额的经济惩罚。
• 这种惩罚不仅缺乏法律依据，而且可能对劳动者的生活造成较大影响。
• 因此，从显失公平的角度来看，该条款也可能被认定无效。

三、实际操作建议

1. 与用人单位协商：如果劳动者发现合同中存在此类不公平条款，首先可以尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行查处。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能令劳动者满意，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

总结：公司签订的合同中“不干满半年扣两千”的条款，一般不具有法律效力。劳动者在遇到此类情况时，应勇敢维护自己的合法权益，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径解决问题。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。