在个人挂靠单位做建筑与甲方单位打官司的情况下，付款对象主要取决于挂靠协议的约定以及法律关系的认定，但通常情况下，若挂靠关系被认定，付款对象可能是被挂靠单位，不过实际收款后被挂靠单位应按约定转付给挂靠人；若挂靠关系未被认定，则可能直接付给实际施工的个人。以下是对此问题的详细分析：

一、挂靠协议的约定

1. 有效挂靠协议：如果个人与被挂靠单位之间签订了有效的挂靠协议，并且协议中明确约定了工程款的支付方式和对象，那么双方应当按照协议的约定来执行。在大多数情况下，挂靠协议会约定工程款先支付给被挂靠单位，再由被挂靠单位按照约定转付给挂靠人。

2. 无效或未约定挂靠协议：如果挂靠协议无效或者没有约定工程款的支付方式和对象，那么就需要根据法律关系的认定来确定付款对象。

二、法律关系的认定

1. 挂靠关系被认定：

   • 如果法院或仲裁机构认定个人与被挂靠单位之间存在挂靠关系，那么根据相关法律法规和司法实践，工程款通常会先支付给被挂靠单位。这是因为被挂靠单位作为名义上的承包人，在法律上承担了相应的权利和义务。
   • 然而，被挂靠单位在收到工程款后，应当按照挂靠协议的约定（如果有效）或者实际施工情况，将工程款转付给挂靠人。如果被挂靠单位拒绝转付，挂靠人可以通过法律途径追究其责任。

2. 挂靠关系未被认定：

   • 如果法院或仲裁机构未认定个人与被挂靠单位之间存在挂靠关系，而是将个人视为实际施工人，那么根据相关法律法规和司法实践，工程款可能会直接支付给实际施工的个人。
   • 在这种情况下，个人可以直接向甲方单位主张工程款，而无需通过被挂靠单位。

三、实际操作中的注意事项

1. 保留证据：无论是挂靠人还是被挂靠单位，都应当妥善保留与工程款支付相关的证据，如挂靠协议、工程款支付凭证、转账记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。

2. 及时沟通：在发生纠纷时，双方应当及时沟通并尝试通过协商解决问题。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷。

3. 寻求专业法律帮助：由于挂靠关系涉及复杂的法律问题和利益关系，因此建议双方在发生纠纷时寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

举例说明：假设个人A挂靠单位B承接了一个建筑工程项目，并与单位B签订了挂靠协议。协议中约定工程款先支付给单位B，再由单位B转付给个人A。然而，在项目完成后，甲方单位C拒绝支付工程款。此时，个人A可以依据挂靠协议向单位B主张权利，要求单位B向甲方单位C追讨工程款并转付给自己。如果单位B拒绝履行义务，个人A可以通过法律途径追究其责任。

总结来说，个人挂靠单位做建筑与甲方单位打官司时，付款对象主要取决于挂靠协议的约定以及法律关系的认定。在实际操作中，双方应当保留好相关证据并及时沟通解决问题。如有需要，可以向我咨询相关法律问题。