运输猪的车拉食品包装盒是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果运输猪的车辆是专门用于运输活畜，且该车辆并未经过清洁和消毒处理，直接用于拉载食品包装盒：
- 法律分析：根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，运输食品应当使用符合食品安全要求的运输工具，并保持清洁，防止食品污染。如果运输猪的车辆未经过必要的清洁和消毒，直接用于拉载食品包装盒，很可能导致食品包装盒受到污染，从而违反食品安全法的规定。
- 法律后果：可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得等。如果因食品污染导致消费者健康受损，还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。
如果运输猪的车辆在运输完猪后，经过了彻底的清洁和消毒处理，并符合食品安全运输的要求，再用于拉载食品包装盒：
- 法律分析：在这种情况下，车辆已经满足了食品安全运输的基本要求，因此拉载食品包装盒并不违法。但需要注意的是，即使车辆已经清洁消毒，也应确保在运输过程中不会对食品包装盒造成污染，比如避免与有毒有害物质混装等。
- 法律建议：为了确保合规，建议在运输食品包装盒前，对车辆进行再次检查，确保无残留物或异味，并采取必要的防护措施，如使用清洁的隔离布或塑料薄膜等。
如果运输猪的车辆同时具备运输活畜和食品包装盒的资质和条件，且按照相关规定进行了分类运输：
- 法律分析：在这种情况下，车辆同时满足了运输活畜和食品包装盒的要求，因此并不违法。但需要严格遵守相关的运输规定，如确保活畜和食品包装盒在运输过程中不会相互污染，以及按照规定的路线和时间进行运输等。
- 实际操作建议：建议制定详细的运输计划，明确运输路线、时间、装载方式等，并确保所有操作都符合相关法规和标准。同时，应定期对车辆进行维护和检查，确保其始终保持良好的运输状态。
总结与建议：运输猪的车拉食品包装盒是否违法，取决于车辆的清洁消毒情况、是否符合食品安全运输要求以及是否遵守了相关的运输规定。为了确保合规和避免法律风险，建议在实际操作中严格遵守相关法规和标准，对车辆进行彻底的清洁和消毒处理，并采取必要的防护措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。