结论：两个药店若为同一投资人但非同一法人或个体工商户主体，原则上不能随意相互调换药品；若调拨药品，可能涉及违法违规行为，需承担相应法律责任。以下从不同角度详细分析：

一、法律主体与药品调拨的合法性

1. 法律主体独立性：

   • 即便两个药店由同一投资人投资，但若它们分别注册为不同的法人实体或个体工商户，则它们在法律上是独立的主体。
   • 独立法律主体间的财产（包括药品）原则上不能随意调拨，除非符合相关法律法规的规定。

2. 药品调拨的合法性：

   • 药品作为特殊商品，其流通受到严格监管。根据《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规，药品的购销、储存、运输等活动需遵守特定规定。
   • 未经许可，不同法律主体间的药品调拨可能构成非法购销药品行为，违反药品管理法规。

二、可能涉及的法律责任

1. 行政责任：

   • 若未经许可擅自调拨药品，可能面临药品监管部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销药品经营许可证等。

2. 刑事责任：

   • 在严重情况下，如调拨的药品存在质量问题或涉及假药、劣药等，可能构成犯罪，需承担刑事责任。

三、合法调拨药品的途径

1. 内部调拨（若符合条件）：

   • 若两个药店属于同一法人实体下的分支机构，且内部调拨符合公司内部管理制度及药品管理法规的要求，则可能合法。
   • 但需确保调拨过程符合药品储存、运输等规定，且调拨的药品质量合格。

2. 外部调拨（需满足条件）：

   • 若需向外部调拨药品，应通过合法渠道进行，如与具有药品经营资质的第三方进行购销活动。
   • 调拨前需确保药品质量合格，且符合相关法律法规的规定。

四、建议与措施

1. 咨询专业律师：

   • 在进行药品调拨前，建议咨询专业律师或药品监管部门，了解具体法律法规要求及操作流程。
   • 确保调拨行为合法合规，避免不必要的法律风险。

2. 完善内部管理：

   • 若两个药店属于同一法人实体，应完善内部管理制度，明确药品调拨的流程、责任及监督机制。
   • 确保调拨过程透明、合规，且药品质量得到保障。

3. 遵守法律法规：

   • 无论何种情况，都应严格遵守药品管理法规及相关法律法规的要求。
   • 不得擅自调拨药品或从事其他违法违规行为。

作为卢鹏律师，我提醒您在处理此类问题时务必谨慎行事。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。