结论概述：针对员工拿最低工资擅自离开工作岗位，且其违法行为导致工资不够弥补公司损失的情况，公司可以依法采取一系列措施来维护自身权益，包括但不限于要求员工赔偿损失、依据规章制度处理员工以及通过法律途径解决争议。

1. 员工擅自离岗的法律性质与责任

员工擅自离开工作岗位，属于违反劳动合同和公司规章制度的行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者应当遵守劳动纪律和职业道德，认真履行工作职责。员工擅自离岗，不仅违反了劳动合同的约定，也可能给公司造成经济损失。在此情况下，员工应当承担相应的法律责任，包括赔偿公司因此遭受的损失。

2. 公司要求员工赔偿损失的依据与方式

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条：“劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。”以及《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

• 赔偿方式：公司可以与员工协商，要求其赔偿因擅自离岗造成的直接经济损失。如果员工同意赔偿，双方可以签订赔偿协议，明确赔偿金额和支付方式。如果员工拒绝赔偿或双方无法达成一致，公司可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求员工承担赔偿责任。

3. 公司依据规章制度处理员工的程序与要点

• 规章制度制定：公司应当制定完善的规章制度，明确员工擅自离岗等违纪行为的处理方式和程序。规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。

• 处理程序：在发现员工擅自离岗后，公司应当及时进行调查核实，收集相关证据。根据规章制度的约定，对员工进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。在处理过程中，公司应当遵循公平、公正、公开的原则，确保员工的合法权益不受侵害。

4. 法律途径解决争议的流程与注意事项

• 劳动争议仲裁：如果公司与员工之间无法就赔偿问题达成一致，公司可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行调解或裁决，双方应当遵守仲裁结果。

• 诉讼途径：如果仲裁结果不满意或双方对仲裁结果有异议，公司可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据来支持自己的主张，并遵循法院的审理程序和判决结果。

5. 特殊情况下的处理建议

• 员工工资不足以赔偿损失：如果员工的工资不足以赔偿公司因擅自离岗造成的全部损失，公司可以要求员工以其他财产或方式赔偿剩余损失。如果员工确实无力赔偿，公司可以考虑与员工协商分期赔偿或采取其他灵活方式解决。

• 员工拒不配合处理：如果员工拒不配合公司的处理或赔偿要求，公司可以依法采取强制措施，如申请法院强制执行等。同时，公司也可以考虑将员工的违纪行为记录在个人信用档案中，以对其未来的就业和信用产生一定影响。

行动建议：在处理此类问题时，公司应当保持冷静和理性，依法维护自身权益。如果遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取更具体和专业的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答。