公司罚分包20万工程款是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合同有明确约定且约定合法的情况
如果公司与分包方在合同中明确约定了罚款条款，比如因分包方违约、工程质量不达标、工期延误等特定情形，公司有权对分包方进行罚款，并且该罚款条款不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么公司依据合同约定罚分包20万工程款，在合同约定的范围内，通常是合法的。
举例说明：假设公司与分包方签订的合同中明确规定，若分包方未能按照约定的工期完成工程，每逾期一天，需向公司支付一定比例的工程款作为违约金（这里以罚款形式体现），且该比例在合理范围内，不构成显失公平。若分包方确实逾期，且逾期天数对应的罚款金额累计达到20万，那么公司罚分包20万工程款就是合法的。
二、合同无明确约定或约定违法的情况
合同无明确约定：如果公司与分包方在合同中没有明确约定罚款条款，或者约定的罚款条款模糊不清，无法确定罚款的具体情形、标准和金额，那么公司罚分包20万工程款就缺乏合同依据，可能构成违法。
约定违法：即使合同中有罚款条款，但如果该条款违反了法律法规的强制性规定，比如罚款金额过高，超出了实际损失的合理范围，或者罚款条款本身违背了公序良俗，那么该罚款条款就是无效的，公司依据无效条款罚分包20万工程款也是违法的。
法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的内容应当符合法律法规的强制性规定和公序良俗。如果合同中的罚款条款违反了这些规定，那么该条款就是无效的，对双方当事人不具有法律约束力。
三、建议与后果
建议：对于公司而言，在签订合同时，应当明确约定罚款条款，包括罚款的情形、标准和金额等，以确保罚款的合法性和合理性。同时，公司也应当注意罚款金额的合理性，避免过高或过低，以免引发纠纷。对于分包方而言，在签订合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是罚款条款，确保自己能够理解和接受，并在履行合同过程中严格遵守合同约定，避免违约行为的发生。
法律后果：如果公司罚分包20万工程款的行为被认定为违法，那么分包方有权要求公司返还罚款，并可能要求公司承担因此造成的损失。同时，公司还可能面临行政处罚或民事诉讼等法律风险。
总结来说，公司罚分包20万工程款是否合法，取决于合同是否有明确约定且约定是否合法。如果有问题，可以直接向我咨询，我会结合你具体情况，给出更详尽的法律建议。