巡视清退违规发放的款项，一般应当退还原单位。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律原则与规定
从法律原则的角度来看，违规发放的款项属于不当得利或违法所得，根据法律原则，这些款项应当返还给受损方或原单位。虽然具体的法律条文可能并未直接提及“巡视清退”的情况，但根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，以及《中华人民共和国刑法》中关于违法所得的处理原则，可以推断出违规发放的款项应当退还原单位。
二、巡视清退的性质与目的
巡视清退是党内监督的一种重要形式，其目的在于发现并纠正违规违纪行为，维护党的纪律和规矩。在巡视过程中，如果发现单位存在违规发放款项的情况，清退这些款项是巡视工作的重要一环。清退的目的不仅是为了纠正违规行为，更是为了恢复单位的正常财务秩序，防止国有资产流失。因此，从巡视清退的性质和目的来看，违规发放的款项应当退还原单位。
三、实际操作与案例
在实际操作中，巡视组在发现违规发放款项的情况后，会要求相关单位进行清退，并将清退的款项上缴国库或退还原单位。这既符合法律原则，也符合巡视清退的目的。同时，从过往的案例来看，违规发放的款项在巡视清退过程中，通常都是被要求退还原单位的。例如，在某些单位违规发放津贴、补贴或奖金的情况下，巡视组会要求这些单位将违规发放的款项全部退还，并上缴国库或按照相关规定处理。
四、特殊情况的处理
当然，也存在一些特殊情况，比如违规发放的款项已经无法直接退还原单位，或者原单位已经不存在等。在这种情况下，可以根据具体情况，将款项上缴国库或按照相关规定进行处理。但这种情况并不改变违规发放款项应当退还原单位的基本原则。
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