结论：法院在不知情的情况下拍卖已有一人死亡的共同房产，拍卖的效力问题需分情况讨论，一般情况下，若拍卖程序本身合法且无其他无效情形，拍卖可能仍然有效，但涉及死亡一方的财产份额部分可能面临后续处理或调整。以下为详细分析：
一、拍卖程序合法性是基础
拍卖的效力首先取决于拍卖程序是否合法。如果法院在拍卖过程中严格遵守了相关法律法规，如《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》等，且拍卖公告、拍卖流程、拍卖成交确认等环节均符合法定要求，那么拍卖程序本身是合法的。在此情况下，即使法院在拍卖前不知情其中一人已死亡，拍卖的合法性通常不会因此受到影响。
二、共同房产中死亡一方财产份额的处理
继承开始与财产分割：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，继承从被继承人死亡时开始。在共同房产中，如果一方死亡，其财产份额将按照法定继承或遗嘱继承的方式进行处理。
- 在拍卖前，如果死亡一方的继承人未明确表示放弃继承，且未进行财产分割，那么该房产仍属于共同共有状态。但拍卖后，死亡一方的财产份额将转化为其遗产，由继承人继承。
拍卖后财产份额的调整：
- 如果拍卖已经完成，且买受人已经支付了拍卖价款并取得了房产的所有权，那么对于死亡一方的财产份额部分，可能需要通过协商、调解或诉讼等方式进行后续处理。
- 例如，死亡一方的继承人可以与买受人协商，要求买受人支付相应的补偿款以获取其应继承的财产份额；或者通过诉讼方式请求法院确认其继承权并分割财产。
三、可能存在的特殊情况
拍卖前已知死亡情况但未处理：
- 如果法院在拍卖前已经得知其中一人死亡，但未对死亡一方的财产份额进行妥善处理（如未通知继承人、未进行财产分割等），那么拍卖可能因程序瑕疵而面临被撤销或确认无效的风险。
拍卖后发现死亡情况并引发争议：
- 如果拍卖后才发现其中一人死亡，且死亡一方的继承人提出异议或主张权利，那么可能需要通过法律途径解决争议。在此情况下，拍卖的效力可能受到挑战，但具体结果需根据案件事实和法律规定进行综合判断。
四、法律建议
- 对于买受人：在参与法院拍卖前，应尽可能了解拍卖房产的权属状况、共有情况以及是否存在其他潜在的法律纠纷。如果发现拍卖房产存在共有人死亡等特殊情况，应谨慎考虑并咨询专业律师的意见。
- 对于继承人：如果发现法院在不知情的情况下拍卖了已死亡共有人的房产份额，应及时向法院提出异议并主张权利。同时，可以寻求专业律师的帮助，通过协商、调解或诉讼等方式维护自己的合法权益。
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