针对您提出的“企业实习协议实习时间是一年但超期了怎么办”的问题，这确实是一个涉及劳动权益的重要事项。首先，我们需要明确的是，无论是实习协议还是劳动合同，其期限的约定都应当遵循相关法律法规的规定，以保护双方的合法权益。
一、法律背景与规定
在实习或试用期的设定上，虽然实习与试用期在法律性质上有所不同（实习更多是基于教学、实践目的，而试用期则是劳动合同的一部分，用于考察员工是否符合录用条件），但两者在期限设定上都有一定的法律限制。对于试用期，根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。虽然实习协议可能不受《劳动合同法》直接调整，但超期实习同样可能涉及劳动权益保护问题，且长期实习可能被视为事实劳动关系，从而适用劳动法的相关规定。
二、超期实习的处理方式
与用人单位沟通：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行友好沟通，明确指出实习协议中约定的实习期限已经超期，并询问用人单位对此的处理意见。
- 在沟通过程中，您可以引用相关法律法规，强调超期实习可能带来的法律风险，以及您作为实习生的合法权益。
要求补足待遇或支付赔偿：
- 如果用人单位承认超期实习的事实，并愿意给予一定的补偿或调整实习安排，那么您可以根据双方协商的结果进行处理。
- 如果用人单位拒绝承认或拒绝给予补偿，您可以考虑要求用人单位按照正式员工的标准补足超期期间的工资、福利等差额，并可能要求支付一定的赔偿金（具体依据当地法律法规和实际情况而定）。
向劳动监察部门投诉或举报：
- 如果与用人单位的沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或举报用人单位的违法行为。
- 劳动监察部门将会对用人单位进行调查，并根据调查结果依法进行处理，包括责令改正、支付赔偿金等。
寻求法律途径解决：
- 如果上述方式均无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 您可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的结果，并决定是否提起诉讼或申请仲裁。
三、建议与注意事项
- 在签订实习协议时，务必仔细阅读协议条款，确保对实习期限、待遇、工作内容等有明确的了解。
- 在实习期间，保留好与用人单位的沟通记录、工作证据等，以备不时之需。
- 如果遇到超期实习等违法行为，不要害怕或妥协，要勇敢地维护自己的合法权益。
总之，面对企业实习协议实习时间超期的问题，您应当积极与用人单位沟通、要求补足待遇或支付赔偿、向劳动监察部门投诉或举报，并在必要时寻求法律途径解决。希望这些建议能对您有所帮助。