结论：针对您邻居两次擅自进入小院且东西丢失但查无证据的情况，您可以从以下几个角度来考虑和应对：首先尝试通过协商解决；若协商不成，可考虑报警处理；同时，注意收集和保留证据；若损失较大，还可以考虑通过法律途径解决。以下是对这些方面的详细分析：

1. 协商解决：

   • 法律背景：虽然您没有直接证据证明邻居偷了东西，但邻居擅自进入您家小院的行为本身已经侵犯了您的住宅安宁权。根据《民法典》的相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。邻居的行为显然违反了这一原则。
   • 建议：您可以先尝试与邻居进行友好协商，指出其行为的不当之处，并要求其赔偿您因物品丢失所遭受的损失。在协商过程中，您可以提及您怀疑物品丢失与邻居的擅自进入有关，但注意保持冷静和理性，避免情绪化的指责。

2. 报警处理：

   • 法律背景：如果邻居的行为涉嫌盗窃，即使您没有直接证据，也可以向公安机关报案。公安机关会根据调查情况来决定是否立案侦查。同时，邻居擅自进入您家小院的行为也可能构成非法侵入住宅罪，如果情节严重，可能会受到刑事处罚。
   • 建议：在报警时，您应详细陈述邻居擅自进入小院的情况，以及您怀疑物品丢失与邻居行为之间的关联。虽然您没有直接证据，但您的陈述和现场情况（如小院门锁是否被破坏、是否有邻居的脚印等）都可能成为公安机关调查的线索。

3. 收集和保留证据：

   • 法律背景：在法律纠纷中，证据是至关重要的。虽然您目前没有直接证据证明邻居偷了东西，但您仍应尽可能收集和保留与案件相关的证据。
   • 建议：您可以检查小院周围是否有监控摄像头，查看是否有记录邻居进入小院的画面；同时，您也可以询问周围邻居是否看到或听到相关情况；此外，如果您怀疑某些物品是被邻居拿走的，您可以尝试在邻居家中或周围寻找这些物品的痕迹（当然，这需要在合法和尊重他人隐私的前提下进行）。

4. 法律途径解决：

   • 法律背景：如果协商和报警都无法解决问题，且您认为自己的权益受到了严重侵害，您可以考虑通过法律途径来解决纠纷。
   • 建议：您可以向法院提起民事诉讼，要求邻居赔偿您因物品丢失所遭受的损失。在诉讼过程中，您需要提供相关证据来支持您的主张。虽然您目前没有直接证据，但您可以通过其他间接证据（如上述提到的监控录像、邻居的证言等）来证明邻居的行为与您物品丢失之间的关联性。同时，您也可以考虑咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

后续行动建议：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免与邻居发生直接冲突或争吵，以免加剧矛盾。同时，及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权益和可能的法律途径。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。