结论：保险只理赔90天是否合理，需结合保险合同条款、医生诊断依据、保险类型及免责条款综合判断，不能一概而论。以下分情况说明：

1. 若保险合同明确约定“休息期理赔上限为90天”
   若保险条款中已明确写明“因疾病或意外导致的休息期，保险公司仅承担最多90天的理赔责任”，且该条款未违反法律强制性规定（如未免除保险公司法定责任、未加重投保人义务等），则保险公司的行为具有合同依据，属于合理范围。此时，即使医生诊断建议休息130天，超出合同约定的40天部分，保险公司有权拒赔。
   建议：投保人可仔细查阅保险合同中“理赔范围”“责任免除”“休息期定义”等条款，确认是否存在此类限制。若条款清晰，且保险公司已尽到提示说明义务（如投保时已对条款进行加粗、口头告知等），则需接受该结果。

2. 若保险合同未明确限制休息期理赔天数，或限制条款无效
   若合同中未对休息期理赔天数作出限制，或限制条款因违反《保险法》第19条（“免除保险人依法应承担的义务或加重投保人、被保险人责任的条款无效”）被认定无效，则保险公司应按医生诊断的实际休息期（130天）进行理赔。此时仅理赔90天属于不合理拒赔。
   典型情形：

   • 保险公司以“内部规定”为由单方面缩短理赔天数，但未在合同中明确约定；
     
   • 限制条款未对投保人进行显著提示（如未加粗、未口头说明），导致投保人不知情；
     
   • 医生诊断依据充分（如通过影像学检查、康复评估等证明需休息130天），且与保险事故直接相关。
     建议：投保人可要求保险公司出具拒赔的书面依据，并核对合同条款。若存在上述情形，可通过协商、投诉（向银保监会）或诉讼主张权利。

3. 若保险类型为“定额给付型”且与实际损失无关
   若保险为“定额给付型”（如重大疾病保险、住院津贴保险），理赔金额通常按合同约定的“每日津贴标准×实际天数”计算，且天数以医生诊断为准。此时若合同未限制天数，保险公司仅理赔90天可能不合理。
   例外：若保险为“费用补偿型”（如医疗保险），需以实际发生的医疗费用为限，若休息期延长未导致医疗费用增加（如仅需居家休养），则超出部分可能不在理赔范围内。
   建议：区分保险类型，核对合同约定的“理赔基础”（是“实际天数”还是“实际费用”），再判断保险公司行为是否合理。

4. 若医生诊断存在争议或与保险事故无关
   若保险公司能证明医生诊断的休息期与保险事故无直接因果关系（如患者本身患有其他疾病需长期休息），或诊断依据不足（如未提供完整病历、检查报告），则可能拒绝理赔超出部分。此时需结合医疗鉴定或第三方机构评估判断。
   建议：投保人可要求保险公司出具“拒赔医学依据”，或共同委托医疗鉴定机构对休息期合理性进行评估。

行动建议：

1. 立即查阅保险合同，重点核对“理赔范围”“责任免除”“休息期定义”等条款；
   
2. 整理医生诊断证明、病历、检查报告等材料，确认休息期建议的合理性；
   
3. 若认为保险公司拒赔不合理，可先书面提出异议，要求重新核定；
   
4. 若协商无果，可向银保监会投诉（12378热线）或直接起诉至法院。
   

提示：保险理赔纠纷的核心是“合同约定”与“实际损失”的匹配性，需结合具体条款和证据综合判断。如有疑问，可进一步提供合同条款或诊断材料，我将协助分析。