用人单位在查询员工案底时，通常需要通知本人，但具体是否必须通知，需结合查询目的、查询主体及法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 查询主体与目的的影响

• 普通用人单位（非特殊行业）：
  根据《刑法》第一百条及《刑事诉讼法》相关规定，普通用人单位无权直接查询员工案底（即犯罪记录）。若需查询，通常需员工本人配合（如提供无犯罪记录证明），此时员工会知晓查询行为。若用人单位未经同意私自查询，可能涉嫌侵犯员工隐私权，员工有权要求停止侵害并赔偿损失。
• 特殊行业用人单位（如教育、金融、保安等）：
  根据《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》及行业法规，部分特殊行业在招聘时需员工提供无犯罪记录证明，或通过合法途径（如公安机关）查询案底。此时查询行为通常需明确告知员工，且需员工书面授权。例如，教师入职需提交无犯罪记录证明，员工在办理过程中会知晓查询行为。

2. 法律程序的严格要求

• 公安机关查询流程：
  若用人单位通过公安机关查询员工案底，需符合《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》中的条件，包括：

  • 查询主体为因履行职责需要了解员工犯罪情况的单位（如学校、金融机构）；
    
  • 查询目的合法（如招聘、晋升）；
    
  • 需员工本人书面同意（或法律、行政法规另有规定）。
    结论：在此类合法查询中，员工通常会被通知并需配合提供材料。

• 非法查询的后果：
  若用人单位未经员工同意，通过非法途径（如私下联系熟人、购买信息）查询案底，可能构成侵犯公民个人信息罪（《刑法》第二百五十三条之一），员工可向公安机关报案或通过法律途径维权。

3. 员工知情权的保护

• 隐私权与知情权的平衡：
  员工案底属于个人隐私，受法律保护。用人单位在查询前需明确告知员工查询目的、范围及可能后果，并取得员工同意。若未告知即查询，员工可主张用人单位侵犯隐私权，要求删除信息、赔偿损失甚至公开道歉。
• 例外情形：
  在极少数情况下（如涉及国家安全、重大公共利益），法律可能允许用人单位在未通知员工的情况下查询案底，但此类情形需严格符合法定条件，且实践中极为罕见。

4. 实务建议

• 对用人单位：
  若需查询员工案底，应优先通过合法途径（如要求员工提供无犯罪记录证明），并明确告知查询目的及法律依据。避免私下查询，以免引发法律风险。
• 对员工：
  若发现用人单位未经同意查询案底，可先与用人单位沟通，要求停止侵权行为；若沟通无果，可向劳动监察部门投诉或提起民事诉讼，维护自身权益。

总结：用人单位查询员工案底是否需通知本人，需结合查询主体、目的及法律程序综合判断。普通情况下需通知并取得同意，特殊行业或合法程序下可能无需额外通知，但均需符合法律规定。若你遇到相关纠纷，可直接向我咨询，我会结合具体案情为你提供专业建议。