员工在公司上班时被同事打伤，私了协议上没盖公司章，该协议在双方自愿且内容合法的情况下仍然有效，但公司是否承担责任需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：
一、私了协议的法律效力
- 意思表示真实：私了协议是双方自愿达成的，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该协议在双方之间是具有法律效力的。这体现了民事法律关系中的意思自治原则，即民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。
- 内容合法：协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得违背社会的公共秩序和善良风俗（公序良俗）。如果协议内容涉及违法犯罪或损害国家、集体、第三人利益等情形，则该协议无效。
- 形式要求：虽然法律并未明确规定私了协议必须采用书面形式或必须盖章，但书面形式能更明确地记录双方的权利义务，减少未来的纠纷。如果协议以书面形式呈现，且双方签字确认，那么其法律效力将更为稳妥。未盖章并不直接导致协议无效，关键在于双方是否真实意思表示一致且内容合法。
二、公司是否承担责任
- 公司责任的前提：员工在公司上班时被同事打伤，这主要涉及到的是员工之间的侵权责任问题。公司是否承担责任，取决于公司是否存在过错或是否违反了相关法律法规规定的义务。
- 公司可能承担责任的情形：
- 如果公司未能提供安全的工作环境，或者未能及时制止同事之间的暴力行为，导致员工受伤，那么公司可能因未尽到安全保障义务而承担相应的赔偿责任。
- 如果打伤员工的行为是执行公司工作任务时发生的，那么根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条的规定，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。但在此情况下，由于是同事之间的打伤行为，且通常不属于执行工作任务的范围，因此公司承担责任的可能性较小。
- 公司不承担责任的情形：
- 如果公司已经尽到了安全保障义务，且打伤员工的行为是同事之间的个人行为，与公司无关，那么公司通常不承担赔偿责任。
三、建议与注意事项
- 签订书面协议：为了确保私了协议的法律效力，建议双方签订书面协议，并明确记录双方的权利义务、赔偿金额、支付方式等关键信息。
- 保留证据：在签订协议前，双方应保留好相关证据，如医疗记录、证人证言等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果涉及复杂的法律问题或赔偿金额较大，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。虽然此处我作为律师已经给出了一些建议，但具体案件仍需具体分析。
综上所述，员工在公司上班时被同事打伤，私了协议上没盖公司章并不影响协议在双方之间的法律效力，但公司是否承担责任需视具体情况而定。如果双方对协议内容或公司责任有疑问，可以直接向我咨询。