关于非法转让土地使用权中“有证部分”的归属问题，核心结论需分情况讨论：

1. 若“有证部分”指合法取得的土地使用权证对应的土地
   根据《土地管理法》第二条及《民法典》第二百零九条，土地使用权证是权利人合法享有土地使用权的法定凭证。若转让行为被认定为非法（如未履行审批手续、违反转让限制等），土地使用权证本身不因转让行为无效而直接失效，但转让合同可能因违法被认定无效或可撤销。此时：

   • 土地使用权仍归原权利人：非法转让不导致土地使用权自动转移，原权利人仍可凭证主张权利；
     
   • 转让合同无效的后果：根据《民法典》第一百五十七条，因无效合同取得的财产应返还，无法返还或折价补偿的，按过错分担损失。若受让人已实际占用土地，可能需返还土地并赔偿原权利人损失。

2. 若“有证部分”指转让方通过非法手段取得的土地使用权证（如伪造、贿赂等）
   此类证件自始无效，土地使用权实际未发生合法转移。根据《土地管理法》第七十九条，非法取得土地使用权证的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，没收违法所得。此时：

   • 土地归属恢复至原状态：若土地原属集体或国家，仍归集体或国家所有；若原属其他权利人，应返还给原权利人；
     
   • 转让方与受让方均可能承担责任：转让方可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）或刑事责任（如非法转让土地使用权罪）；受让方若明知证件非法仍受让，可能被认定为共同违法或承担过错赔偿责任。

3. 特殊情形：宅基地使用权转让的合法性边界
   根据《土地管理法》第六十二条，宅基地使用权仅限本集体经济组织成员内部转让，且需满足“一户一宅”等条件。若非法转让宅基地使用权：

   • 有证部分（合法宅基地证）的归属：若转让方非本集体成员或受让方已拥有宅基地，转让合同无效，宅基地使用权仍归原权利人；
     
   • 无证部分（如超占面积）：超占部分可能被认定为非法占用土地，由县级以上人民政府责令退还，并可能处以罚款。

法律建议：

• 若您是原权利人，发现土地被非法转让，可凭土地使用权证向自然资源主管部门举报，并要求受让人返还土地；
  
• 若您是受让人，需审查转让方的证件合法性及转让条件，避免因合同无效承担损失；
  
• 非法转让土地使用权可能涉及刑事犯罪（如《刑法》第二百二十八条），建议立即停止违法行为并咨询律师。
  

进一步思考：实践中，土地权属争议常涉及历史遗留问题（如未确权土地、权属重叠等），需结合具体证据（如土地登记档案、使用历史、相邻关系等）综合判断。若您有具体案情，可直接向我咨询，我将结合细节提供针对性分析。