合同约定审计费由施工单位垫支并不直接违法，但需结合具体合同条款和法律规定来判断其合理性与合法性。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同自由原则的角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，有权自由约定合同的内容，包括费用的承担方式。因此，如果合同中明确约定了审计费由施工单位垫支，且这一约定没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么该约定在法律上是有效的。

二、审计费承担的合理性角度

虽然合同可以自由约定审计费的承担方式，但我们需要考虑这种约定是否合理。审计费通常是为了对工程项目的造价、质量等进行审核而产生的费用。在建设工程合同中，审计费的承担往往与审计的目的、审计的范围以及审计结果的利用等因素密切相关。

1. 如果审计是为了确保工程质量和造价的合理性，且审计结果对双方都有约束力，那么将审计费由施工单位垫支可能并不合理。因为这种情况下，审计费更像是一种为了保障合同双方共同利益而产生的费用，理应由双方共同承担或按照其他更合理的方式分担。

2. 如果审计是应建设单位的要求进行的，且审计结果主要对建设单位有利，那么将审计费由施工单位垫支可能更不合理。因为这种情况下，施工单位实际上是在为建设单位的利益承担费用，这显然违背了公平原则。

三、实际履行中的注意事项

即使合同中约定了审计费由施工单位垫支，但在实际履行过程中，也需要注意以下几点：

1. 确保审计的公正性和独立性：审计应当由具有相应资质和经验的审计机构进行，且审计过程应当公开、透明，确保审计结果的客观性和准确性。

2. 明确审计费的支付方式和时间：合同中应当明确审计费的支付方式和时间，避免因为费用问题而产生纠纷。例如，可以约定在审计报告出具后一定时间内，由建设单位向施工单位支付审计费。

3. 考虑审计费与工程款的关系：如果审计费与工程款有关联（例如，审计结果影响工程款的结算），那么应当在合同中明确这种关系，并约定相应的处理方式。

四、法律后果与风险防范

如果合同中约定了审计费由施工单位垫支，但建设单位在审计完成后拒绝支付或拖延支付审计费，施工单位可以依据合同约定和法律规定向建设单位主张权利。为了避免这种纠纷的发生，建议在合同中明确约定审计费的承担方式、支付方式和时间等条款，并在实际履行过程中加强沟通和协商。

总结来说，合同约定审计费由施工单位垫支并不直接违法，但需要结合具体合同条款和法律规定来判断其合理性与合法性。在实际操作中，建议双方充分考虑审计的目的、范围以及审计结果的利用等因素，合理约定审计费的承担方式，并在合同中明确相关条款以避免纠纷的发生。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。