若行政单位在行政程序中未出示申请人的合法票据，申请人可采取以下措施维护自身权益：

1. 要求行政单位补正程序
   根据《中华人民共和国行政许可法》第三十二条及《中华人民共和国行政处罚法》第五十二条，行政机关在实施行政许可、处罚等行为时，应当依法出示合法票据或相关凭证。若行政单位未履行该义务，申请人可当场要求其出示票据，并明确告知其程序违法性。若行政单位以内部规定为由拒绝，可进一步要求其提供书面说明，并记录在场人员、时间、地点等关键信息。

2. 通过行政复议或行政诉讼救济
   若行政单位仍拒绝出示票据且已作出具体行政行为（如收费、处罚等），申请人可在知道该行为之日起60日内向上一级行政机关申请行政复议，或在6个月内直接向人民法院提起行政诉讼。复议或诉讼中，行政单位需承担举证责任，证明其行为的合法性，包括票据的合法性。若其无法提供，法院或复议机关可能以“主要证据不足”为由撤销或变更原行为。

3. 向监察机关或上级部门投诉
   根据《中华人民共和国监察法》第三条，监察机关对公职人员依法履职、秉公用权等情况进行监督。若行政单位工作人员存在故意隐匿票据、违规收费等行为，申请人可向同级或上级监察委员会举报，要求调查处理。同时，可向行政单位的上级主管部门（如财政局、审计局等）反映问题，督促其整改。

4. 注意票据的合法性认定标准
   合法票据需满足以下要件：

• 由财政部门统一印制或监管的票据（如非税收入通用票据、罚没票据等）；
  
• 票据内容与行政行为直接相关（如收费项目、金额、时间等与行政决定一致）；
  
• 加盖行政单位公章或财务专用章。
  若行政单位出示的票据不符合上述标准（如使用自制收据、未盖章等），申请人可拒绝接受，并要求其重新出具合法票据。

实务建议：

• 保留行政单位未出示票据的证据（如录音、录像、书面拒绝说明等）；
  
• 在行政程序中及时提出异议，避免因沉默被认定为“放弃权利”；
  
• 若涉及金额较大或程序严重违法，建议同步委托律师介入，通过法律程序固定证据并主张权益。
  

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