在综合工时制下，休息日加班费的计算是一个相对复杂但又有明确规则的过程。以下是对这一问题的详细解答：
一、综合工时制的基本概念
综合工时制是一种特殊的工时制度，它不以日为单位计算工作时间，而是以周、月、季、年等为周期，综合计算劳动者的工作时间。这种制度的核心在于，尽管具体的工作安排可能灵活多变，但劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
二、休息日加班费的计算原则
在综合工时制下，休息日加班费的计算需根据整个周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间来决定：
未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间总数没有超过该周期的法定标准工作时间总数，即使其中的某些休息日被安排工作，用人单位也无需支付休息日加班工资。
超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出部分应被视为延长工作时间，用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
三、具体计算方法
计算小时工资基数：
- 小时工资基数是计算加班费的基础，它等于月工资收入除以（月计薪天数21.75天乘以8小时）。
确定加班时长：
- 加班时长是实际工作时间超出法定标准工作时间的部分。
计算加班费：
- 延长工作时间的加班工资 = 小时工资基数 × 超出法定标准工作时间 × 150%。
四、法定节假日的特殊情况
无论综合计算周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。这一点与标准工时制下的规定相同。
五、示例说明
假设某员工月工资为6000元，实行以月为周期的综合工时制，该月制度工作时间为166.64小时（20.83天×8小时/天）。若该月实际出勤200小时，则：
计算小时工资：
- 小时工资 = 6000元 ÷ (21.75天 × 8小时) ≈ 34.48元/小时
确定加班时长：
- 加班时长 = 200小时 - 166.64小时 = 33.36小时
计算加班费：
- 加班费 = 34.48元/小时 × 33.36小时 × 150% ≈ 1722.36元（若全部为工作日延时加班）
- 若包含法定节假日加班（如8小时），则节假日加班费 = 34.48元/小时 × 8小时 × 300% ≈ 827.52元，剩余加班费按150%计算。
六、注意事项
- 明确综合计算周期：所有加班费的计算都基于这个周期，因此明确周期的开始和结束时间至关重要。
- 保留相关证据：用人单位应完整保存考勤记录、排班表及工资条等证据，用以证明工时核算合规性。
- 遵守法律法规：用人单位应严格按照法律法规执行，确保劳动者的合法权益得到保障。
综上所述，综合工时制下的休息日加班费计算方式相对复杂，但只要明确了计算原则和具体方法，就能准确计算出应支付的加班费。