结论前置：单位通知旷工三天算自动离职是否合法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法有效且明确规定了旷工三天的后果。若规章制度合法有效且明确规定了旷工三天的后果，则公司可据此解除劳动合同；否则，公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职。
一、法律层面分析
法律无明确规定：
- 我国法律并未明确统一规定旷工多少天即构成自动离职。自动离职在法律上并非规范表述，而是一般指劳动者不告而别、无故旷工达到一定合理期限，并表现出不再继续履行劳动合同的意思。
用人单位规章制度制定权：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位有权依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。在制定、修改或者决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并确保规章制度内容不违反法律法规强制性规定。
二、用人单位规章制度分析
规章制度内容：
- 常见的规定是连续旷工3天或累计旷工达到一定天数（如15天）可视为严重违纪行为，并作为解除劳动合同的情形之一。这一规定必须合法、合理且经过公示。
规章制度有效性条件：
- 内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规，需符合企业管理逻辑和公平原则。
- 经过民主程序制定：规章制度需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
- 已向劳动者公示：规章制度需通过发放员工手册、组织培训、公告栏张贴等方式确保员工知晓。
三、实际操作中的注意事项
对于劳动者：
- 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的规章制度，并确保其内容合理、经过民主程序制定且已向劳动者公示。
- 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。具体流程包括：
- 考勤核实与内部沟通：通过考勤记录系统、打卡记录、门禁记录等多种方式核实员工是否连续旷工三天，确保事实准确无误。核实后，将旷工情况通报给员工所在部门负责人，进一步了解员工近期工作状态及旷工原因，并填写离职审批表，提交给上级领导及相关部门审批。
- 通知员工与解除劳动合同：审批通过后，公司应书面通知员工其已因旷工三天达到自动离职条件，明确指出旷工事实、公司依据的规章制度条款、自动离职生效日期等信息，并通过邮件、EMS等方式发送。同时，公司基于《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，可以解除劳动合同，并确保通知内容符合法律要求。
- 离职手续办理与财务结算：员工收到通知后，按规定时间到公司办理离职手续，包括归还公司财物、交接工作、财务结算等。公司应结清员工工资，并办理好社保手续，注意不能随意克扣员工工资，只能按事假扣发旷工当天的工资。办理完毕后，公司为员工出具离职证明，证明员工已与公司解除劳动关系。
- 保留档案与资料：公司应保留好员工的所有档案及相关资料，如完备的考勤表、离职审批表、通知书等，以备后续可能的法律纠纷。
四、法律后果
- 若规章制度合法有效：公司可依据规章制度解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
- 若规章制度无效或未公示：公司可能构成违法解除劳动合同，需支付赔偿金（通常为经济补偿金的两倍）。
综上所述，旷工三天是否算自动离职，关键在于用人单位的规章制度是否有明确规定，且该规定是否合法有效。劳动者和用人单位都应充分了解相关法律法规和规章制度，以确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。