结论前置：员工违法但未被起诉时，企业可依据违法行为的性质、严重程度及公司规章制度，采取从纪律处分到解除劳动合同等不同程度的内部处理措施。以下分情况详细说明：

1. 违法行为性质与严重程度评估

   • 轻微违法：如员工因个人原因违反交通法规（如闯红灯）但未造成严重后果，此类行为虽违法但与企业工作无直接关联，且未损害企业利益或声誉。企业可依据规章制度给予口头警告、书面警告等轻微纪律处分，以起到警示作用。
   • 一般违法：如员工利用职务之便，违反公司规定进行轻微的经济往来（如私自报销小额个人费用），虽未构成犯罪，但已违反企业规章制度。企业可依据规章制度给予记过、降职、降薪等处分，并要求员工退还非法所得。
   • 严重违法：如员工涉及贪污、受贿、泄露商业秘密等严重违法行为，即使未被起诉，但已对企业造成重大损失或严重影响企业声誉。企业可依据《劳动合同法》第三十九条之规定，以“严重违反用人单位的规章制度”或“严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害”为由，解除与员工的劳动合同，且无需支付经济补偿。

2. 内部处理流程与注意事项

   • 调查取证：企业在处理前应进行充分调查，收集相关证据，确保处理决定的合法性与合理性。调查过程中应尊重员工权益，避免侵犯其隐私权等合法权益。
   • 听取员工陈述与申辩：在作出处理决定前，企业应给予员工陈述与申辩的机会，听取其意见与解释，确保处理决定的公正性。
   • 依据规章制度处理：企业应依据已制定的规章制度对员工进行处理，确保处理决定的合规性。规章制度应明确违法行为的定义、处分种类与适用条件，且需经民主程序制定并公示。
   • 书面处理决定：企业应作出书面处理决定，明确处分种类、理由、依据及生效时间，并送达员工本人。书面决定有助于保障员工权益，避免后续纠纷。
   • 后续跟进与教育：企业应对处理后的员工进行后续跟进，观察其表现与态度变化。同时，加强员工法律教育与培训，提高其法律意识与合规意识，预防类似事件再次发生。

3. 特殊情况处理

   • 员工已被司法机关立案侦查但未起诉：在此情况下，企业可依据规章制度对员工进行停职处理，待司法机关作出最终判决后再根据判决结果作出进一步处理。如员工被判无罪或免予刑事处罚，企业应恢复其职务与待遇；如员工被判有罪，企业可依据《劳动合同法》第三十九条之规定解除劳动合同。
   • 员工违法行为涉及企业利益但未被起诉：如员工利用职务之便进行经济犯罪但未被起诉，企业可依据规章制度与相关法律法规追究其民事责任，要求其赔偿企业损失。同时，企业可考虑向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。

企业在处理员工违法但未被起诉的情况时，应综合考虑违法行为的性质、严重程度及公司规章制度，确保处理决定的合法、合理与公正。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。