结论：在此情况下，若以一个公司名义签订合同，而以另外一个公司施工，且实际控制人为同一人，民事责任的承担需根据具体情况分析，可能涉及合同相对性原则、表见代理、公司人格否认等法律原则及制度。
详细分析：
合同相对性原则：
- 一般情况下，合同具有相对性，即合同的权利义务仅约束合同双方当事人。若A公司签订合同，B公司施工，且合同中未明确约定B公司的权利义务，则原则上应由A公司承担合同责任。
- 例外情况：若合同中有明确约定或双方事后达成补充协议，约定由B公司承担部分或全部责任，则可能根据约定进行责任分配。
表见代理：
- 若施工方（B公司）在施工过程中，以签订合同方（A公司）的名义进行活动，且相对方有理由相信其有代理权（如持有A公司的授权书、公章等），则可能构成表见代理。
- 在表见代理的情况下，A公司需承担由此产生的民事责任，但A公司承担责任后，有权向B公司追偿，若B公司存在过错。
公司人格否认：
- 若A公司与B公司虽为独立法人，但实际控制人为同一人，且存在人格混同（如财务混同、业务混同、人员混同）的情况，则可能适用公司人格否认制度。
- 在公司人格否认的情况下，法院可能判决A公司与B公司对外部债务承担连带责任。这通常发生在两公司之间存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的情况下。
实际控制人的责任：
- 实际控制人若利用其控制地位，操纵公司进行不当行为，损害公司或其他股东、债权人的利益，可能需承担个人责任。
- 在特定情况下，如实际控制人指示或参与施工过程中的违法行为，导致第三方受损，实际控制人可能需直接承担民事责任。
法律建议：
- 合同签订与履行：在签订合同时，应明确约定各方的权利义务，避免模糊不清导致责任难以划分。在履行合同过程中，应严格按照合同约定执行，避免产生不必要的纠纷。
- 公司治理与合规：加强公司治理，确保公司独立法人地位的维护，避免人格混同。同时，遵守相关法律法规，确保公司运营合规。
- 风险防控：对于可能涉及表见代理、公司人格否认等风险的情况，应提前进行风险评估和防控，如加强内部管理、完善授权制度等。
- 争议解决：在发生争议时，应及时寻求法律途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在诉讼过程中，应充分准备证据，维护自身合法权益。
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