公司法人与股东签订的协议，在满足法定条件的情况下是有效的；反之，若存在违法或不当情形，则可能无效。以下是对此问题的详细分析：
协议有效的基本条件
行为人具有相应的民事行为能力：
- 签订协议的公司法人和股东必须具备完全民事行为能力。对于自然人而言，需达到法定年龄且精神健康；对于法人，其代表需在授权范围内行事。若一方或双方不具备相应的民事行为能力，则协议可能因主体不适格而无效。
意思表示真实：
- 协议内容必须反映公司法人和股东的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若一方能证明其受不正当手段影响而签订协议，该协议（或部分）可能被认定无效。例如，若公司法人通过虚假陈述或隐瞒重要事实，诱使股东签订对其不利的协议，股东有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
协议内容合法：
- 协议条款不得违反国家法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。例如，约定从事违法犯罪活动或以损害社会公共利益为目的的协议均无效。若协议内容涉及非法活动或违反公序良俗，则整个协议或相关条款将无效。
协议形式合规：
- 股东协议通常应采用书面形式，并由双方签字或盖章。特殊情况下，口头协议虽可能有效，但举证难度大，因此书面形式更为稳妥。对于涉及重大权益的协议，如股权转让、增资扩股等，建议采用书面形式并办理相关登记手续，以确保协议的法律效力。
特殊情形下协议效力可能受影响
公司章程另有规定：
- 如公司章程对某事项有明确规定，且与股东间协议内容冲突，在不违反法律规定的前提下，公司章程优先适用。例如，公司章程规定的决策程序与股东间协议不一致时，以公司章程为准。因此，在签订股东协议前，应仔细审查公司章程，确保协议内容与公司章程相符。
未经法定程序：
- 涉及公司重大事项的股东协议，如未按照法律或公司章程规定的程序进行，可能效力存疑。例如，公司为股东提供担保未经股东会或董事会决议通过，则相关协议可能无效。因此，在签订涉及公司重大事项的协议时，应确保已按照法定程序进行决策和审批。
股权转让的特殊规定：
- 对于股权转让协议，还需遵守《公司法》中关于股权转让的特殊规定。如有限责任公司的股东之间可相互转让股权，无需股东会表决；但股东向非股东转让股权需经其他股东过半数同意，并履行书面通知和征求同意的程序。若未遵循这些规定，股权转让协议可能无效或无法履行。
法律建议
为确保公司法人与股东签订的协议的合法性和有效性，我建议：
- 在签订协议前，仔细审查协议条款：确保协议内容真实、合法、有效，并符合公司章程和《公司法》的规定。
- 咨询专业律师：在签订涉及重大权益的协议前，建议咨询专业律师进行审查和指导，以避免潜在的法律风险。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律意见和指导。
- 办理相关登记手续：对于需要办理登记手续的协议，如股权转让协议，应及时办理相关登记手续，以确保协议的法律效力。
综上所述，公司法人与股东签订的协议的效力需综合考虑多方面因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。