股东会决议和股权转让协议在特定情况下是可以在一个案件中同时请求确认无效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律基础与原则
合同无效与决议无效的法律依据：
- 合同无效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形包括但不限于无民事行为能力人实施的民事法律行为、虚假的意思表示、违反法律或行政法规的强制性规定、违背公序良俗以及恶意串通损害他人权益等。
- 决议无效：根据《中华人民共和国公司法》第二十二条第一款，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。
诉的合并原则：
- 在民事诉讼中，如果两个或多个诉讼请求之间存在关联，且由同一法院管辖，原告可以在一个诉讼中同时提出多个诉讼请求，这被称为诉的合并。股东会决议和股权转让协议的无效确认请求，如果基于相同或相关的事实和法律关系，是可以在一个案件中同时提出的。
二、具体情形分析
股东会决议直接导致股权转让协议无效：
- 如果股东会决议的内容本身违法或违反公司章程，且该决议直接作为股权转让协议的基础或条件，那么股东会决议的无效可能导致股权转让协议的无效。在这种情况下，原告可以在一个案件中同时请求确认股东会决议和股权转让协议无效。
股东会决议与股权转让协议均存在无效情形：
- 如果股东会决议和股权转让协议各自存在无效的情形，且这些情形相互独立但均与同一事实或法律关系相关，原告同样可以在一个案件中同时提出确认两者无效的请求。
三、实践操作与注意事项
诉讼请求的明确性：
- 在提起诉讼时，原告应明确提出确认股东会决议和股权转让协议无效的诉讼请求，并详细阐述两者之间的关联性和各自存在的无效情形。
证据的充分性：
- 原告需要提供充分的证据来证明股东会决议和股权转让协议均存在无效的情形。这可能包括公司章程、股东会决议记录、股权转让协议文本、相关法律法规等。
法院的审查与判断：
- 法院在受理此类案件后，将依法对股东会决议和股权转让协议的合法性进行审查。如果法院认为两者均存在无效情形，将依法作出确认无效的判决。
四、法律后果
- 如果股东会决议和股权转让协议被确认无效，那么基于这些决议和协议所实施的行为（如股权转让、公司变更登记等）也将失去法律效力。相关方可能需要恢复原状或承担其他法律责任。
总结来说，股东会决议和股权转让协议在特定情况下是可以在一个案件中同时请求确认无效的。这主要取决于两者之间的关联性和各自存在的无效情形。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。