针对您提出的“买的二手车发票开的12000元的统一发票是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据《国家税务总局关于二手车经销企业发票使用有关问题的公告》以及相关通知要求，二手车经销企业在销售二手车并收取款项时，必须按规定向买方开具税务机关监制的《二手车销售统一发票》。这是二手车交易中的法定要求，确保了交易的合法性和税收的合规性。

其次，关于发票金额的问题，发票上开具的金额应当真实反映二手车的实际交易价格。如果二手车实际交易价格就是12000元，那么开具12000元的统一发票是合法的。然而，如果实际交易价格高于或低于这个金额，而发票上却开具了12000元，这就可能存在低报或高报价格的问题，这种行为是不合法的，并可能涉及偷逃税款等违法行为。

此外，税务机关也在不断加强车辆购置税的征管水平，以防止和打击低报车辆价格信息、不上报新车型价格信息及低开发票等行为。例如，税务机关正在试行按照车辆市场平均交易价格核定车辆购置税最低计税价格的新机制，并出台实施了违规开具机动车销售统一发票的机动车企业名单公示制度，以此来震慑和遏制违规开具发票的问题。

因此，对于您提出的这个问题，我们不能仅凭发票金额本身来判断其是否合法，而需要结合二手车的实际交易价格以及相关法律法规来进行综合判断。如果您对发票金额有疑问，建议您向二手车经销企业或税务机关进行咨询和核实，以确保您的权益得到保障。

总的来说，只要二手车经销企业按照实际交易价格开具税务机关监制的《二手车销售统一发票》，并且该发票金额与实际交易价格相符，那么这样的发票就是合法的。