在签订三方付款协议，约定部分费用由甲方直接支付给丙方的情况下，收据的开具需根据实际付款和合同约定情况来确定，具体如下：

1. 若协议明确约定了收据开具方式：

   • 严格按照协议执行：三方付款协议中若已明确规定了甲方支付给丙方费用后，收据应如何开具（例如由丙方直接向甲方开具收据，或者由乙方先向甲方开具全额收据，再由丙方向乙方开具其收到款项的收据等），那么各方应严格按照协议约定的方式来开具收据。这是保障各方权益、避免后续纠纷的重要依据。
   • 示例：假设协议约定“甲方直接支付给丙方的费用，丙方应在收到款项后5个工作日内向甲方开具等额的正规收据”，那么丙方就需按照此约定，在收到甲方款项后及时开具收据给甲方。

2. 若协议未明确约定收据开具方式：

   • 协商确定：在这种情况下，三方应通过友好协商，确定一个合理的收据开具方式。协商时，可以考虑各方的财务流程、税务要求以及实际操作的便利性等因素。
   • 常见方式：一种常见的方式是，丙方在收到甲方支付的款项后，向甲方开具收据，同时乙方也可以根据自身财务需要，要求丙方提供其收到款项的证明（如收据复印件等），以便乙方进行账务处理。另一种方式是，乙方先向甲方开具全额收据（包含甲方直接支付给丙方的部分），然后丙方再向乙方开具其收到款项的收据，乙方根据丙方的收据进行内部账务调整。
   • 示例：三方协商后确定，丙方在收到甲方款项后，除了向甲方开具收据外，还需将收据复印件提供给乙方，同时乙方根据自身情况，决定是否需要丙方再额外开具一份收据给乙方用于内部账务处理。

3. 注意事项：

   • 收据的合规性：无论采用哪种方式开具收据，都需确保收据的合规性，即收据应符合相关法律法规的要求，具备必要的要素（如收款方名称、付款方名称、款项金额、收款事由、收款时间等），并加盖收款方的公章或财务专用章。
   • 税务处理：各方在开具和接收收据时，还需考虑税务处理的问题。例如，若丙方开具的收据涉及到增值税等税费的，需确保税费的正确计算和缴纳，避免出现税务风险。
   • 书面记录：为了保障各方的权益，建议将收据开具的方式、时间、要求等事项以书面形式记录下来，作为三方付款协议的补充条款或附件，以便在后续出现纠纷时作为证据使用。

在实际操作中，若遇到复杂情况或不确定如何处理时，建议及时咨询专业律师或财务人员，以确保收据的开具符合法律法规的要求，并保障各方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。